Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATCCAAACCAGGATCAGTGAAGGTGGAGAAGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgttcttccctcatgcaataaagttattatgatatatcaaattttacgctttgcaaatttatagatacttgataattaaaaataatcaccttc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G161337_T01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G161337_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g15780.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GTATCCAAACCAGGATCAGTGAAGGTGGAGAAGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgttcttccctcatgcaataaagttattatgatatatcaaattttacgctttgcaaattt---atagatacttgataattaaaaataatcaccttc-
|| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||    || |  | ||   ||  |  | ||   | || ||  | |||  ||| |    |   || |   |  || |  ||      || | 
GTCTCCAAACCTGGATCTGTGAAGGTGGAGAAATTAATGAACATTGAACGCTACTCCCATGTCATGCACATCAGTTCCACGgttaggctcttcttct---atactgtgaaacaatggttctgtactca-ttatataccttggcaatgttgcgtcattattatttccttcagcattccagtctgca

upper sequence: GRMZM2G161337_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA20G23680.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GTATCCAAACCAGGATCAGTGAAGGTGGAGAAGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgttcttccctcatgcaataaagttattatgatatatcaaattttacg----ctttg-caaatttatagatacttgataattaaaaataatcaccttc
|| |||||||| || || ||  | || || ||| | ||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||| || | | |  | |  |   ||   | ||| ||   |  || | |   | | |  |    || || || | ||||   |  || |         | ||| | |   
GTCTCCAAACCGGGTTCTGTTCAAGTTGAAAAGCTTATGAATATTGAGCGCTATTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACAgt-aagttcctttagcaaaatatga-aaatttggaaatatgtgtttgaatatgtgaaaactatgtcacaattatcctttttttactgcatgtcacaattatc---

upper sequence: GRMZM2G161337_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA18G03260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GTATCCAAACCAGGATCAGTGAAGGTGGAGAAGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgttcttccctcatgcaataaagttattatgatatatcaaattttacgctttgcaaatttatagatacttgataattaaaaataatcaccttc--------
||  | |||   || ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||    || |    | |      |  |||| | || | |   ||  |  |  || |  || |  ||   |   |   ||  ||||||  | |   |         
GTTGCAAAAAGTGGTTCAGTTAAAGTGGAAAAGCTTATGAATATTGAGCGATATTCCCATGTCATGCACATAAGCTCAACGgtgagaaccttttcttgttagtatcgagtgttagt-tggtgttctaacatagatactatttaattgcatctttctgtttcaaaaaaaaatgttgattatttattgtag

upper sequence: GRMZM2G161337_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv06s0004g06320.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GTATCCAAACCAGGATCAGTGAAGGTGGAGAAGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctg--ttcttccctcatgcaataaagttattatgatatatca------aattt-----tacgctttgcaaatttatagatacttgataattaaaaataatcaccttc--------------------------------------------------
|| |||||||| || || ||||  || || ||| | ||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |   |   || |    | ||  |  || | | || | | ||||||       ||||      |   | |  ||    || ||| || || ||  | |     |     |                                                   
GTGTCCAAACCTGGTTCTGTGACTGTTGAAAAGCTCATGAATATTGAGCGCTACTCCCATGTCATGCACATCAGCTCCACGgtaaatataaattttgtaataatttatcaaggctgtttttacatatcatcataggatttgataacataatataaaaggcaatggatgctggagaaacatattagtttgttattcagtataacaactgattcattactaataaaatccttaaccggctttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7227817|gb|AW566458.1|AW566458
EST:     ATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGGCAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: ATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|13178323|gb|BG349581.1|BG349581
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|71429501|gb|DR810551.1|DR810551
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|211345790|gb|FL266263.1|FL266263
EST:     ATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTYAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: ATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|33099478|gb|CF059438.1|CF059438
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|149103558|gb|EE288957.2|EE288957
EST:     CCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: CCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|8930541|gb|BE225305.1|BE225305
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|4887265|gb|AI677364.1|AI677364
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|37392136|gb|CF633315.1|CF633315
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|71761802|gb|DR959739.1|DR959739
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|71762476|gb|DR960413.1|DR960413
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|67014966|gb|CO443715.1|CO443715
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|71314990|gb|DR794114.1|DR794114
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|548048|gb|T25248.1|T25248
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|31364516|gb|CD448871.1|CD448871
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|149000181|gb|EE037320.2|EE037320
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|166617705|gb|EG206258.1|EG206258
EST:     CTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: CTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|116816802|gb|EC859574.1|EC859574
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAAAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|33093179|gb|CF053173.1|CF053173
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|71448131|gb|DR829181.1|DR829181
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|60357763|gb|DN224736.1|DN224736
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|32836831|gb|CD976509.1|CD976509
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|213175359|gb|FM190077.1|FM190077
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|7238168|gb|AW573390.1|AW573390
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|148939087|gb|EC883495.2|EC883495
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|32866600|gb|CF006282.1|CF006282
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|13178556|gb|BG349814.1|BG349814
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|60398523|gb|DN231339.1|DN231339
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|211345792|gb|FL266265.1|FL266265
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|5713996|gb|AI943981.1|AI943981
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|60344440|gb|DN211413.1|DN211413
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|211345789|gb|FL266262.1|FL266262
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|211345791|gb|FL266264.1|FL266264
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|32836931|gb|CD976609.1|CD976609
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|67024314|gb|CO453063.1|CO453063
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|211282582|gb|FL175928.1|FL175928
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: gi|149026791|gb|EE046153.2|EE046153
EST:     AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG                         GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTATCCAAACCAGGATCAGTGAAGGTGGAGAAGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgttcttccctcatgcaataaagttattatgatatatcaaattttacgctttgcaaatttatagatacttgataattaaaaataatcaccttc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA