1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GGTGACAAGAGCCAAGCAGAACGGGATTGGGTCCTTTCTGAATTTAAGTCAGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaactttgagatgtgatacatcttatatttcctgaggaaattgatacacgtttctttcccttggaaaacag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G143246_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGCAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGAAAGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|78120998|gb|DV539382.1|DV539382
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|110193219|gb|EC875117.1|EC875117
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|78077832|gb|DV506261.1|DV506261
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|110200617|gb|EC882514.1|EC882514
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|86472665|gb|DY239035.1|DY239035
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGTTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|4646584|gb|AI491385.2|AI491385
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCAAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|9255282|gb|BE345750.1|BE345750
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGCAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|60350175|gb|DN217148.1|DN217148
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|32910886|gb|CF015698.1|CF015698
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGCAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|91053058|gb|EB163476.1|EB163476
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|78025496|gb|DV493883.1|DV493883
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGCAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|71774215|gb|DR972093.1|DR972093
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|18177031|gb|BM378241.1|BM378241
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|31349821|gb|CD434178.1|CD434178
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|24767383|gb|CA402526.1|CA402526
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: CTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|76287086|gb|DV026654.1|DV026654
genomic: CTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|5152766|gb|AI759064.1|AI759064
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGCAAAAGTCCTATTATGACGGCCNCTGATGTTGCTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|149105514|gb|EE291039.2|EE291039
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|8930468|gb|BE225232.1|BE225232
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: GGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|9255412|gb|BE345880.1|BE345880
genomic: GGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGCAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|33942270|gb|CF348870.1|CF348870
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|60352200|gb|DN219173.1|DN219173
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|101382045|gb|EB813078.1|EB813078
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGTTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|37396781|gb|CF635684.1|CF635684
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|93017516|gb|EB643036.1|EB643036
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCGEST: gi|211031786|gb|FL480600.1|FL480600
genomic: AGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
EST: CACTGATGTTGCTGCTCGAGGCTTAG ATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
genomic: CACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaa ... tggaaaacagATGTCAAGGATGTGAAGTATGTCATTAACTATGACTTTCCGGGGTCACTCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTGACAAGAGCCAAGCAGAACGGGATTGGGTCCTTTCTGAATTTAAGTCAGGGAAAAGTCCTATTATGACGGCCACTGATGTTGCTGCTCGAGGCCTAGgtatgcccaactttgagatgtgatacatcttatatttcctgaggaaattgatacacgtttctttcccttggaaaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT