Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttctttccacgatagtattttttctccaagatgcaagggagctgcacattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcgacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G135283_T04
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G135283_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g52840.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggttt-ctttccacgatagtattttttctccaagatgcaagggagctg-cacattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcgacag
 |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||  |  ||| ||   ||  |  | ||  |   ||          |  | | | || || |||   ||     | | | | |||                                                                 
ATGGAGAAAAGTGCCGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCGTTGCGGGTGCAAGTGCATATGCGCGTCTTTATGACTATGACCGCATGCGGAAGgtgaattttactgctcaatagtgcatgctgaatcttcaccttctgtaatcagtcaaataattcacttgttatgcaatctgcag-----------------------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G135283_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA02G38160.2 (Glycine max), 5'ss of exon 8
TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttctttccacgatagtattttttctccaagatgcaagggagctgca-cattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcgacag
||||||||||| || || |||||||||||||| || ||  |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||| | || |||| ||  | | | |     | |   ||   | |  ||  |  |    |  |    ||| || |||||  |    | ||| |   |  ||| || |                                                     
TTGGAGAAAAGTGCAGTACTTTTTAGGCCAAAATTAATAGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAGgtaaattatatctgatacagaaacttaggtatttaatgtttagaacaattcagtcatgatgatattgaatctta-tatgcttgaatttgtacag-----------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G135283_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA14G36280.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttctttccacgatagtattttt--tctccaagatgcaagggagctgca-cattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcgacag
||||||||||| || |  |||||||||||||| || ||  |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||| | || |||| ||  ||| | ||    | || |  ||   | |  ||  |  |    |  |    ||| ||  ||||  |      ||| |   |  ||| |  |                                                     
TTGGAGAAAAGTGCAGCACTTTTTAGGCCAAAATTAATAGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAGgtaa--tttatatctgatacagaaacttaggtatttaatgtttagaacaattcagtcatgatggtattg-aatcttttatgcttgaatttgtatag-----------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G135283_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT4G37930.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttctttccacgatagtattttttctccaagatgcaagggagctgcacattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcgacag
 |||||||||| |||  |||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||| |  | ||||| |||| ||| ||  | |||| ||       || ||        | |  | |||||    | |  || |   | |||||| ||        | |  ||  ||   ||||  ||   ||||||                                            
ATGGAGAAAAGTGCTACTCTTTTCAGGCCAAAATTGATTGTTGCTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaa-------tttca-------gtctcatatccaa----ctacagaac---agattattgta--------atcagtagtgagttttgattcgaactcttttcccag---------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G135283_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: PP1S79_54V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttctttccacgatagtattttttctccaagatgcaaggg----agctgcacattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcg-acag
 ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||  | |||||||| ||||| |||||||| |  || || ||||  |||||||| ||||   | ||   ||  | | | |     |||     |  || ||  |    |  || |  ||  || | |  |  |     ||    | | |  || | |  | |  |  ||  |      |  | ||     |||  | | | ||   |||
ATGGAGAAAAGCGCAGTTCTTTACAGGCCAAAATTGATAGTAGCTGGTGCCAGTGCCTATGCTCGCCATTACGACTATGCTCGTATGCGCAAGgtgtgtttaaatttgatgtttgcggcctttgcattatgtgaaattgcatcatttgtatgtttctacagtgtaatgttaactatccgatactctactgtgtacctgctccttcgagttcatatgtgatctgcaaattgtctttctcatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67042253|gb|CO468508.1|CO468508
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|211349901|gb|FL349172.1|FL349172
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|149048905|gb|EE048404.2|EE048404
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         AATATGCA-CACGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAG
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagA-TATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAG
EST: gi|14204327|gb|BG838004.1|BG838004
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         GTATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|148958252|gb|EC904466.2|EC904466
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|60351519|gb|DN218492.1|DN218492
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|148930308|gb|EE284699.2|EE284699
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|60346600|gb|DN213573.1|DN213573
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|67024112|gb|CO452861.1|CO452861
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|148969981|gb|EE020895.2|EE020895
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAAGGCA-TACTTCTAGC
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAA-GGCAATACTTCTAGC
EST: gi|148947246|gb|EC892606.2|EC892606
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGNCA-CAAGCAGAAGGCAATACTTCT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATG-CAACAAGCAGAAGGCAATACTTCT
EST: gi|148945831|gb|EC891120.2|EC891120
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAA
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAA
EST: gi|60349820|gb|DN216793.1|DN216793
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 291

TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGTGGGCTTGTTGCAGCTGGTGTTGTTCCATCTCCTTTTGATTATGCAGATG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 387

TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGTGGGCTTGTTGCAGCTGGTGTTGTTCCATCTCCTTTTGATTATGCAGATG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 376

TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGTGGGCTTGTTGCAGCTGGTGTTGTTCCATCTCCTTTTGATTATGCAGATG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 367

TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGTGGGCTTGTTGCAGCTGGTGTTGTTCCATCTCCTTTTGATTATGCAGATG