Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttctttccacgatagtattttttctccaagatgcaagggagctgcacattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcgacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G135283_T03
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G135283_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g52840.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggttt-ctttccacgatagtattttttctccaagatgcaagggagctg-cacattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcgacag
 |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||  |  ||| ||   ||  |  | ||  |   ||          |  | | | || || |||   ||     | | | | |||                                                                 
ATGGAGAAAAGTGCCGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCGTTGCGGGTGCAAGTGCATATGCGCGTCTTTATGACTATGACCGCATGCGGAAGgtgaattttactgctcaatagtgcatgctgaatcttcaccttctgtaatcagtcaaataattcacttgttatgcaatctgcag-----------------------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G135283_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA02G38160.2 (Glycine max), 5'ss of exon 8
TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttctttccacgatagtattttttctccaagatgcaagggagctgca-cattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcgacag
||||||||||| || || |||||||||||||| || ||  |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||| | || |||| ||  | | | |     | |   ||   | |  ||  |  |    |  |    ||| || |||||  |    | ||| |   |  ||| || |                                                     
TTGGAGAAAAGTGCAGTACTTTTTAGGCCAAAATTAATAGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAGgtaaattatatctgatacagaaacttaggtatttaatgtttagaacaattcagtcatgatgatattgaatctta-tatgcttgaatttgtacag-----------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G135283_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA14G36280.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttctttccacgatagtattttt--tctccaagatgcaagggagctgca-cattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcgacag
||||||||||| || |  |||||||||||||| || ||  |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||| | || |||| ||  ||| | ||    | || |  ||   | |  ||  |  |    |  |    ||| ||  ||||  |      ||| |   |  ||| |  |                                                     
TTGGAGAAAAGTGCAGCACTTTTTAGGCCAAAATTAATAGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATGCTCGCCTTTATGATTATGCACGTGTTCGCAAGgtaa--tttatatctgatacagaaacttaggtatttaatgtttagaacaattcagtcatgatggtattg-aatcttttatgcttgaatttgtatag-----------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G135283_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT4G37930.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttctttccacgatagtattttttctccaagatgcaagggagctgcacattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcgacag
 |||||||||| |||  |||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||| |  | ||||| |||| ||| ||  | |||| ||       || ||        | |  | |||||    | |  || |   | |||||| ||        | |  ||  ||   ||||  ||   ||||||                                            
ATGGAGAAAAGTGCTACTCTTTTCAGGCCAAAATTGATTGTTGCTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaa-------tttca-------gtctcatatccaa----ctacagaac---agattattgta--------atcagtagtgagttttgattcgaactcttttcccag---------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G135283_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: PP1S79_54V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
TTGGAGAAAAGCGCTGTTCTTTTTAGGCCAAAGTTGATCATTGCTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttctttccacgatagtattttttctccaagatgcaaggg----agctgcacattattatattacagagaactatacagaacattgaaccgcgatctttttttttttatcaatcaaataattccataatgttatgtgtcg-acag
 ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||  | |||||||| ||||| |||||||| |  || || ||||  |||||||| ||||   | ||   ||  | | | |     |||     |  || ||  |    |  || |  ||  || | |  |  |     ||    | | |  || | |  | |  |  ||  |      |  | ||     |||  | | | ||   |||
ATGGAGAAAAGCGCAGTTCTTTACAGGCCAAAATTGATAGTAGCTGGTGCCAGTGCCTATGCTCGCCATTACGACTATGCTCGTATGCGCAAGgtgtgtttaaatttgatgtttgcggcctttgcattatgtgaaattgcatcatttgtatgtttctacagtgtaatgttaactatccgatactctactgtgtacctgctccttcgagttcatatgtgatctgcaaattgtctttctcatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67042253|gb|CO468508.1|CO468508
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|211349901|gb|FL349172.1|FL349172
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|149048905|gb|EE048404.2|EE048404
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         AATATGCA-CACGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAG
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagA-TATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAG
EST: gi|148958252|gb|EC904466.2|EC904466
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|14204327|gb|BG838004.1|BG838004
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         GTATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|60351519|gb|DN218492.1|DN218492
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|148930308|gb|EE284699.2|EE284699
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|60346600|gb|DN213573.1|DN213573
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|67024112|gb|CO452861.1|CO452861
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
EST: gi|148969981|gb|EE020895.2|EE020895
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAAGGCA-TACTTCTAGC
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAA-GGCAATACTTCTAGC
EST: gi|148947246|gb|EC892606.2|EC892606
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGNCA-CAAGCAGAAGGCAATACTTCT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATG-CAACAAGCAGAAGGCAATACTTCT
EST: gi|148945831|gb|EC891120.2|EC891120
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAA
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAA
EST: gi|60349820|gb|DN216793.1|DN216793
EST:     CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAG                         ATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCATATGCTCGGCTATATGATTATGACCGTATGCGGAAGgcaaggtttc ... gtgtcgacagATATGCAACAAGCAGAAGGCAATACTTCTAGCAGACATGGCACATATTAGT