Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCACAGGAAAGTCGGAAGCAGGAGATGGAGAAGCTACTGCAAGACCAAGAAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtcttttcctacataatctagtggtttgaacgacaactgtgttttctttccttaatgatcttattgattacatctctgctgtaagtgtcagtaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G128995_T01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G128995_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os05g51530.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
AGCACAGGAAAGTCGGAAGCAGGAGATGGAGAAGCTACTGCAAGACCAAGAAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtcttttcctacataatctagtggtttgaacgacaactgtgttttcttt--------ccttaatgatcttattgattacatctctgctgtaagtgtcagtaa
||||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||||| |  | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||    | || | || |  |     | ||||     |||  ||         | ||  |  ||||||  ||  ||| | || |  | ||        
AGCACAGGAAAGTAGGAAGGAAGAGCTGGAAAAGCTAATGCAAGACCAGGAAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtctttttaggctta-tttaataatcctgtcaacaatgacatttctttagagaagaacttttttattcttatgaatgtcatttttgtttcatgta-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67019107|gb|CO447856.1|CO447856
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|148963814|gb|EE014911.2|EE014911
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|32907249|gb|CF012062.1|CF012062
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|40334835|gb|CK368905.1|CK368905
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|60338283|gb|DN205256.1|DN205256
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|37401333|gb|CF638029.1|CF638029
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|37377800|gb|CF625543.1|CF625543
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTTTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|33095927|gb|CF055921.1|CF055921
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTACGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|32910284|gb|CF015096.1|CF015096
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|60354564|gb|DN221537.1|DN221537
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGGTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|12972189|gb|BG267858.1|BG267858
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|211151579|gb|FL387831.1|FL387831
EST:     CAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: CAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|60358961|gb|DN225934.1|DN225934
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|24763202|gb|CA398382.1|CA398382
EST:     CTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: CTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|149000733|gb|EE037951.2|EE037951
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|211040893|gb|FL451654.1|FL451654
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|149098810|gb|EE184821.2|EE184821
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|148968977|gb|EE019671.2|EE019671
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|110964923|gb|EE184823.1|EE184823
EST:     CCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGGTGTTTTTGTAGAGAG
genomic: CCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGC-GTGTCTTTGTAGAGAG
EST: gi|40303110|gb|CK347497.1|CK347497
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|149000703|gb|EE037917.2|EE037917
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|148954148|gb|EC899547.2|EC899547
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|67017448|gb|CO446197.1|CO446197
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|32907248|gb|CF012061.1|CF012061
EST:     TCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: TCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|14245311|gb|BG873893.1|BG873893
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|78076481|gb|DV504915.1|DV504915
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|211201056|gb|FL359983.1|FL359983
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|67013699|gb|CO442448.1|CO442448
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|37378328|gb|CF625849.1|CF625849
EST:     AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: gi|71427969|gb|DR809019.1|DR809019
EST:     AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG                         GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC