1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
ATCCGCTATTGGGAAAGCTTTTGCCAGAGCAGACCTGAATGAGGTGCACGAAATATTACTGCATGATGGATATGATGAGGATGACACTGCTAATGCTGAGgtaaaagaactatttgccattaaaccatattcctaagatgtttgttgctgcaacacaattgtgctttactattttcagcagtccagttattaaagtcatg...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G121826_T02 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAATATTACTGCATGATGGATATGATGAGGATGACACTGCTAATGCTGAG CTATCTCTCCAGTCATGGAATGATGATGTATCTGAGAGCTTTGTTGTTAAGEST: gi|32866508|gb|CF006190.1|CF006190
genomic: AAATATTACTGCATGATGGATATGATGAGGATGACACTGCTAATGCTGAGgtaaaagaac ... gaacttgcagCTATCTCTCCAGTCATGGAATGATGATGTATCTGAGAGCTTTGTTGTTAAG
EST: AAATATTACTGCATGATGGATATGATGAGGATGACACTGCTAATGCTGAG CTATCTCTCCAGTCATGGAATGATGATGTATCTGAGAGCTTTGTTGTTAAGEST: gi|110524126|gb|EE028310.1|EE028310
genomic: AAATATTACTGCATGATGGATATGATGAGGATGACACTGCTAATGCTGAGgtaaaagaac ... gaacttgcagCTATCTCTCCAGTCATGGAATGATGATGTATCTGAGAGCTTTGTTGTTAAG
EST: AAATATTACTGCATGATGGATATGATGAGGATGACACTGCTAATGCTGAG CTATCTCTCCAGTCATGGAATGATGATGTATCTGAGAGCTTTGTTGTTAAG
genomic: AAATATTACTGCATGATGGATATGATGAGGATGACACTGCTAATGCTGAGgtaaaagaac ... gaacttgcagCTATCTCTCCAGTCATGGAATGATGATGTATCTGAGAGCTTTGTTGTTAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCCGCTATTGGGAAAGCTTTTGCCAGAGCAGACCTGAATGAGGTGCACGAAATATTACTGCATGATGGATATGATGAGGATGACACTGCTAATGCTGAGgtaaaagaactatttgccattaaaccatattcctaagatgtttgttgctgcaacacaattgtgctttactattttcagcagtccagttattaaagtcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG