Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCAAGTGGCTGTTAGAAGTTAAAGCTCCTCGAATAGTGTATGTCTCATGTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttgtcctactattggcacttaacccataccttttgatattttagttctcttgtgataattagttggtgcttcaataatttgactgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G115198_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G115198_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os01g09750.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
AATCAAGTGGCTGTTAGAAGTTAAAGCTCCTCGAATAGTGTATGTCTCATGTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgcttt-gtcctactattggcacttaacccataccttttgatattttagttctcttgtgataattagttgg--tgcttcaataatttgactgcag
||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||  |  || ||  ||| |  |  ||||||||||||      |||   | ||    |   |   ||||||| || |||
AATCAAGTGGCTACTAGAAGTTAAAGCCCCTCGAATAGTGTACGTTTCATGTAATCCAGCTACCTGTGCACGGGATTTGGATTACTTATGTCATGGTGTGgtatgtttttgtcctattattga-agatacccattacttcatattattttagttcttagtgcatagccacttcaattaaatacttaatttgtctacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211307893|gb|FL436435.1|FL436435
EST:     ATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACTTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: ATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|6012611|gb|AW062048.1|AW062048
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|149065678|gb|EE286800.2|EE286800
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|211103900|gb|FL455681.1|FL455681
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|78090076|gb|DV518450.1|DV518450
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTAGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|148945132|gb|EC890330.2|EC890330
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTTTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|50334077|gb|CO529203.1|CO529203
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTTTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|211103899|gb|FL455680.1|FL455680
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|83278825|gb|DV942833.1|DV942833
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|78109730|gb|DV528146.1|DV528146
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|148938312|gb|EC882620.2|EC882620
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTTTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
EST: gi|7118942|gb|AW497529.1|AW497529
EST:     GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTG                         GAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG
genomic: GTAATCCAGCTACTTGTGCTCGGGATTTGGACTACCTATGTCATGGCGTGgtatgctttg ... ttgactgcagGAGGAGAAAGATTTGAGAGGATTCTATGAACTGAAGAGTGTAATTCCTGTG