1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
CATTATGTGGTTGCTTCATCTGTGTGATGCACACCAGGAGATGCAATCATGGGCTGAAGCAGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGCGTGATCATGCAGgttgtgatctttgctcctatactaactttgattccagcaatcttgacatatcctgtatggagttttgtaacctctgtaacttccttacag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G110406_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGGCTGAAGCAGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGCGTGATCATGCAG GCACTTGTTGGAAGGAATGATGCTGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCGEST: gi|74244259|gb|DT652173.1|DT652173
genomic: GGGCTGAAGCAGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGCGTGATCATGCAGgttgtgatct ... ttccttacagGCACTTGTTGGAAGGAATGATGCTGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCG
EST: GGGCTGAAGCAGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGCGTGATCATGCAG GCACTTGTTGGAAGGAATGATGCTGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCGEST: gi|32928748|gb|CF033560.1|CF033560
genomic: GGGCTGAAGCAGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGCGTGATCATGCAGgttgtgatct ... ttccttacagGCACTTGTTGGAAGGAATGATGCTGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCG
EST: GGGCTGAAGCAGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGCGTGATCATGCAG GCACTTGTTGGAAGGAATGATGCTGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCGEST: gi|32929415|gb|CF034227.1|CF034227
genomic: GGGCTGAAGCAGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGCGTGATCATGCAGgttgtgatct ... ttccttacagGCACTTGTTGGAAGGAATGATGCTGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCG
EST: GGGCTGAAGCAGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGCGTGATCATGCAG GCACTTGTTGGAAGGAATGATGCTGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCG
genomic: GGGCTGAAGCAGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGCGTGATCATGCAGgttgtgatct ... ttccttacagGCACTTGTTGGAAGGAATGATGCTGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CATTATGTGGTTGCTTCATCTGTGTGATGCACACCAGGAGATGCAATCATGGGCTGAAGCAGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGCGTGATCATGCAGgttgtgatctttgctcctatactaactttgattccagcaatcttgacatatcctgtatggagttttgtaacctctgtaacttccttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC