Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGATTTCAGATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaacactgtaaattgctaacttttcacaagcaacaacataatattttgttgtatctgttagagagagaagagccatgaattatggttgtagtca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107639_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107639_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g08270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
AGGATTTCAGATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaacactgtaaattgctaacttttcacaagcaacaacataatattttgttgtatctgttagagagagaagagccatgaattatggttgtagtca----
|| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||   |||| || | | ||    | |  |||| |   |||||| ||  ||| ||            |  |    |  |   |    |||    
AGAATTTCAGAACTGTGCAGAAATGCTGGTGCATGGCTTGTAGTTGACAATACCTATGAgtaagttagtactc--aattactgattattgctcaactgcaacgt--cattttggtgcttcttttctttctgttgttgataaagctcctcagtcccttcagaaa

upper sequence: GRMZM2G107639_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA15G01520.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
AGGATTTCAGATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaacactgtaaattgctaacttttcacaagcaacaacataatatt-ttgttgtatctgttagagagagaagagccatgaattatggttgtagtca---
|||||||||||||| ||||| ||||||||  | |||||||| ||||| ||||| || ||||||| |     | ||| |||| |   |   | ||| || ||  | | |||  |  | |      || ||    | ||    |   || | ||  |  |     
AGGATTTCAGATCTCTGCAAGAATGCTGGCTCTTGGCTTGTTGTTGATAATACATACGAgtaagcc----ttttaacttgcaacgctaatagaagaaaaaaggttaaattactcatttggtccctatagtttcacgatttgtactttttagtccttatagttt

upper sequence: GRMZM2G107639_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA13G43830.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
AGGATTTCAGATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaacactgtaaattgctaacttttcacaagcaacaacataatattttgttgtatctgttagagagagaagagccatgaattatggttgtagtca----------
|||||||||||||| ||||| ||||||||  | |||||||| ||||| ||||| || ||||||| |     | ||| ||||||   |   |  || || || ||| |||| | |   |  | | | |   |  | |  ||    || | ||     |||          
AGGATTTCAGATCTCTGCAAGAATGCTGGCTCTTGGCTTGTTGTTGATAATACATACGAgtaagac----ttttaacttgcta---tgctaatagaaaaaatatattattcttt---aattatgaaaagaaacaaaaacaaattttttagtctgtttcaattatattgt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148932368|gb|EC876010.2|EC876010
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: gi|67030337|gb|CO459086.1|CO459086
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACNATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTTAGA-GATGCTCATA
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT-AGAAGATGCTCATA
EST: gi|76286951|gb|DV026519.1|DV026519
EST:     ATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTTGACA-TACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
genomic: ATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTT-GACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
EST: gi|148963140|gb|EE014107.2|EE014107
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: gi|67011573|gb|CO440322.1|CO440322
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: gi|149112179|gb|EE295100.2|EE295100
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: gi|149084340|gb|EE173781.2|EE173781
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGGTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
EST: gi|50325408|gb|CO520534.1|CO520534
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGATTTCAGATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaacactgtaaattgctaacttttcacaagcaacaacataatattttgttgtatctgttagagagagaagagccatgaattatggttgtagtca

- - - - - - - - - - - ATGCTG