1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
AGGAAAAAGACGTATGGGTGATGAATGTTGTGCCACATGATGGACCAAGCACCCTCAAGATAATCTATGATAGAGGGCTGATAGGCAGCAATCATGACTGgtatgtgttaagcacctataaatttatccattgttattattcaagggcaggcctggtgcagtggtgtgccatgctttgtgcccttacgttttagttaatt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G107629_T03 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCCTCAAGATAATCTATGATAGAGGGCTGATAGGCAGCAATCATGACTG GTGTGAAGCCTTCTCGACCTATCCTCGAACATATGATCTTCTCCACGCATGEST: gi|211429892|gb|FL442320.1|FL442320
genomic: ACCCTCAAGATAATCTATGATAGAGGGCTGATAGGCAGCAATCATGACTGgtatgtgtta ... cactttgcagGTGTGAAGCCTTCTCGACCTATCCTCGAACATATGATCTTCTCCACGCATG
EST: CCCTNCAAGATAATCTATGATAGAGGGCTGATAGGCAGCAATCATGACTG GTGTGAAGCCTTCTCGACCTATCCTCGAACATATGATCTTCTCCACGCATGEST: gi|22935914|gb|BU572189.1|BU572189
genomic: CCCT-CAAGATAATCTATGATAGAGGGCTGATAGGCAGCAATCATGACTGgtatgtgtta ... cactttgcagGTGTGAAGCCTTCTCGACCTATCCTCGAACATATGATCTTCTCCACGCATG
EST: ACCCTCAAGATAATCTATGATAGAGGGCTGATAGGCAGCAATCATGACTG GTGTGAAGCCTTCTCGACCTATCCTCGAACATATGATCTTCTCCACGCATGEST: gi|149009042|gb|EE153770.2|EE153770
genomic: ACCCTCAAGATAATCTATGATAGAGGGCTGATAGGCAGCAATCATGACTGgtatgtgtta ... cactttgcagGTGTGAAGCCTTCTCGACCTATCCTCGAACATATGATCTTCTCCACGCATG
EST: ACCCTCAAGATAATCTATGATAGAGGGCTGATAGGCAGCAATCATGACTG GTGTGAAGCCTTCTCGACCTATCCTCGAACATATGATCTTCTCCACGCATG
genomic: ACCCTCAAGATAATCTATGATAGAGGGCTGATAGGCAGCAATCATGACTGgtatgtgtta ... cactttgcagGTGTGAAGCCTTCTCGACCTATCCTCGAACATATGATCTTCTCCACGCATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGAAAAAGACGTATGGGTGATGAATGTTGTGCCACATGATGGACCAAGCACCCTCAAGATAATCTATGATAGAGGGCTGATAGGCAGCAATCATGACTGgtatgtgttaagcacctataaatttatccattgttattattcaagggcaggcctggtgcagtggtgtgccatgctttgtgcccttacgttttagttaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT