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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCCGCCAATGCTGGCACAGGAAACCTTGATGTTTTGCGCAATAACGTACAATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgtgtcctctgttgctcatcctctttcagtctccaacgatctcccttttgtgatccattcacccacaatttctttatctgcattgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G105772_T01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G105772_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os09g24200.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
TTCCGCCAATGCTGGCACAGGAAACCTTGATGTTTTGCGCAATAACGTACAATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgtgtcctctgttgctcatcctctttcagtctccaacgatctcccttttgtgatccattcacccacaatttctttatctgcattgtgcag
  |||    ||||||   |||||| ||||||| |||||||||||| | |||||||| || | |||||  ||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| | | |   | ||   || || |         |      ||  | |  |  |   ||  | |||||    ||                       
CACCGATGCTGCTGGTCTAGGAAATCTTGATGCTTTGCGCAATAATGCACAATTCCGAACCTTGCTTTCTTTAGTGCAAGCCAATCCTCAAATTTTACAGgtttttct-catactgctttccttaaaaataaaaaaaaaataaaaaacctcactgactggccaattcatttgcag----------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5081049|gb|AI738311.1|AI738311
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCATGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|6022682|gb|AW067610.1|AW067610
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|31364335|gb|CD448690.1|CD448690
EST:     AATTCCAAAATTTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTGCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|211120609|gb|FL462996.1|FL462996
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|12969428|gb|BG266372.1|BG266372
EST:     GGTGCATGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: GGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|91876142|gb|EB406099.1|EB406099
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|5081050|gb|AI738312.1|AI738312
EST:     ATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCATGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: ATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|148943102|gb|EC888158.2|EC888158
EST:     TTCCAAAACCTGCTTGGTTGGGTGCAGGTTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: TTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|148951141|gb|EC896815.2|EC896815
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTGTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|9732268|gb|BE511020.1|BE511020
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|78023202|gb|DV491589.1|DV491589
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|76011554|gb|DT938724.1|DT938724
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|32866688|gb|CF006370.1|CF006370
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|149099558|gb|EE185596.2|EE185596
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|32867785|gb|CF007467.1|CF007467
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|78023686|gb|DV492073.1|DV492073
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCATGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|18167746|gb|BM337586.1|BM337586
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33103270|gb|CF063230.1|CF063230
EST:     CTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTGCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGTTAATC
genomic: CTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|91878896|gb|EB408853.1|EB408853
EST:     TTCCAAAACCTGCTTGGTTTGG-GCAGGGTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: TTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33094018|gb|CF054012.1|CF054012
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|32867786|gb|CF007468.1|CF007468
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33093100|gb|CF053094.1|CF053094
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGTAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|32866689|gb|CF006371.1|CF006371
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|31363913|gb|CD448268.1|CD448268
EST:     AATTCCAAAATTTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTGCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|6654120|gb|AW267525.1|AW267525
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|91054259|gb|EB164677.1|EB164677
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|32945337|gb|CF050156.1|CF050156
EST:     AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGTTTATGCAGCTAATC
genomic: AATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 195

TTCCGCCAATGCTGGCACAGGAAACCTTGATGTTTTGCGCAATAACGTACAATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATCCAGGAAAACCAAGCAGAGTTCATGCGGATGATCAATGAACCACTTGAGG


Block sizes: 47 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 121

TTCCGCCAATGCTGGCACAGGAAACCTTGATGTTTTGCGCAATAACGTACAATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATCCAGGAAAACCAAGCAGAGTTCATGCGGATGATCAATGAACCACTTGAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 151

TTCCGCCAATGCTGGCACAGGAAACCTTGATGTTTTGCGCAATAACGTACAATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATCCAGGAAAACCAAGCAGAGTTCATGCGGATGATCAATGAACCACTTGAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 93

TTCCGCCAATGCTGGCACAGGAAACCTTGATGTTTTGCGCAATAACGTACAATTCCAAAACCTGCTTGGTTTGGTGCAGGCTAATCCTCAGATTTTGCAGgtctgtttgt ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGGGTAAACAAAATCCCCAGGTTATGCAGCTAATCCAGGAAAACCAAGCAGAGTTCATGCGGATGATCAATGAACCACTTGAGG