Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccattcctgcagtttgtgacagcatattctgcctgaagctcaatgtctgcctgagcacatatctgcagtttgtgacagcatattcttctgtcgacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G103430_T04
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G103430_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os11g14430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccattcctgcagtttgtgacagcatattctgcctgaagctcaatgtctgcctgagcacatatctgcagtttgtgacagcatattcttctgtcgacag
|| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||| |||  |    |     | |  || || |  |  |   ||    |   ||| |  |  | | | || | |  || ||                   
CCTATGATCTATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTCCCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTTGGATATGTTCTgtaagacaatttttctgctgccctagacaattttttagcataccatctccatt--cctcacgatttgtttccaatgt-cgatag-------------------

upper sequence: GRMZM2G103430_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os11g14430.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccattcctgcagtttgtgacagcatattctgcctgaagctcaatgtctgcctgagcacatatctgcagtttgt-gacagcatattcttctgtcgacag
|| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||| |||  |    |     | |  || || |  |  |   ||    |    |        | ||    ||   | | || ||                 
CCTATGATCTATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTCCCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTTGGATATGTTCTgtaagacaatttttctgctgccctagacaattttttagcataccatctccattcctcacgatttgtttccaatgtcgataggcaacag----------------

upper sequence: GRMZM2G103430_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os10g06130.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccattcctgcagtttgtgacagcatattctgcctgaagctcaatgtctgcctgagcacatatctgcagtttgtgacagcatattct----tctgtcgacag
|| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || || ||||| ||||||||  || |   |     || ||| |  |         ||   |||     | || | || | |||| || ||  | ||||     | |    | | | |||||
CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTGGGATATGTTCTgtaagataatgctgtcctagagtcacaactcac-------aaa---caa-----gtcttaccatacatcttcatttcctaacagttctgtttgtaatgtcttgacag

upper sequence: GRMZM2G103430_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os10g06130.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
--------------CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccattcctgcagtttgtgacagcatattctgcctgaagctcaatgtctgcctgagcacatatctgcagtttgtgacagcatattct----tctgtcgacag
              || ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || || ||||| ||||||||  || |   |     || ||| |  |         ||   |||     | || | || | |||| || ||  | ||||     | |    | | | |||||
CATTTTTGTTACAGCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTGGGATATGTTCTgtaagataatgctgtcctagagtcacaactcac-------aaa---caa-----gtcttaccatacatcttcatttcctaacagttctgtttgtaatgtcttgacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22542721|gb|BU093159.1|BU093159
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|60352242|gb|DN219215.1|DN219215
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|24768223|gb|CA403352.1|CA403352
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|211350822|gb|FL045986.1|FL045986
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTTCT                         GCAACAACCTGGTG
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTG
EST: gi|78024711|gb|DV493098.1|DV493098
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|6952509|gb|AW424577.1|AW424577
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTNCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|148950939|gb|EC896574.2|EC896574
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|40336436|gb|CK370506.1|CK370506
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTTCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|20811268|gb|BQ295746.1|BQ295746
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTG
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTG
EST: gi|149072510|gb|EE160790.2|EE160790
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|60337515|gb|DN204488.1|DN204488
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|37393328|gb|CF633926.1|CF633926
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTTCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|21809455|gb|BQ667773.1|BQ667773
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCTCCGCGGAGGGGTAGTGT
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|32794928|gb|CD947164.1|CD947164
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|78081443|gb|DV509855.1|DV509855
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|148974507|gb|EE025291.2|EE025291
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|110934046|gb|EE154272.1|EE154272
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|60344104|gb|DN211077.1|DN211077
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|71332331|gb|DR803106.1|DR803106
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|60340674|gb|DN207647.1|DN207647
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|149034770|gb|EE155070.2|EE155070
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|211350823|gb|FL045987.1|FL045987
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTTCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCC
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCC
EST: gi|78544374|gb|DV621872.1|DV621872
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|149096254|gb|EE181962.2|EE181962
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGNNNNNNNNGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|148930063|gb|EE285990.2|EE285990
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|148934165|gb|EC878185.2|EC878185
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|74233709|gb|DT641623.1|DT641623
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|5058892|gb|AI737368.1|AI737368
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|110199888|gb|EC881785.1|EC881785
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|4609595|gb|AI600434.1|AI600434
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
EST: gi|4874392|gb|AI673912.1|AI673912
EST:     ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT                         GCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA
genomic: ATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccat ... ctgtcgacagGCAACAACCTGGTGGAATGCCGCCTCCGCCCCCACCGCGGAGGGGTAGTGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCTgtaagaccattcctgcagtttgtgacagcatattctgcctgaagctcaatgtctgcctgagcacatatctgcagtttgtgacagcatattcttctgtcgacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG