1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
GGTGAGACCAATATAAAGCCATTGTGGGGTACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAGgttggtatcttgttggattgttggttttgtgtgttctaaacaaagttatggactcggagtatgactagagattaatattaatcactcttcattaatgttgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G081682_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAG CCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTEST: gi|33092171|gb|CF052165.1|CF052165
genomic: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAGgttggtatct ... aatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTEST: gi|74245361|gb|DT653275.1|DT653275
genomic: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAGgttggtatct ... aatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAG CCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGEST: gi|74232804|gb|DT640718.1|DT640718
genomic: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAGgttggtatct ... aatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCG
EST: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAG CCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
genomic: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAGgttggtatct ... aatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTGAGACCAATATAAAGCCATTGTGGGGTACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAGgttggtatcttgttggattgttggttttgtgtgttctaaacaaagttatggactcggagtatgactagagattaatattaatcactcttcattaatgttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT