1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
AATCGCAAGCCTCTTCTCATTGTTGCTGAGGATGTTGAAGGAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAGgtgctaagggcctgatatatactgtgctgaaatgtttatataagcactggactttcagtacttgttcatgaaagcatgtccttttctttgtctttgttct...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G074790_T03 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGTGCTGGACTCAAG GTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTAEST: gi|87152753|gb|DY397542.1|DY397542
genomic: CGTGCTGGACTCAAGgtgctaaggg ... tcaaatgtagGTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTA
EST: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAG GTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTAEST: gi|166610019|gb|EG159989.1|EG159989
genomic: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAGgtgctaaggg ... tcaaatgtagGTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTA
EST: CTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAG GTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAA-TAGAAGGCACAAEST: gi|19822484|gb|BQ048508.1|BQ048508
genomic: CTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAGgtgctaaggg ... tcaaatgtagGTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAA
EST: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAG GTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTAEST: gi|31351656|gb|CD436013.1|CD436013
genomic: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAGgtgctaaggg ... tcaaatgtagGTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTA
EST: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAG GTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTAEST: gi|31350305|gb|CD434662.1|CD434662
genomic: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAGgtgctaaggg ... tcaaatgtagGTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTA
EST: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAG GTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTAEST: gi|6021191|gb|AW066119.1|AW066119
genomic: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAGgtgctaaggg ... tcaaatgtagGTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTA
EST: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAG GTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCEST: gi|22489691|gb|BU049614.1|BU049614
genomic: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAGgtgctaaggg ... tcaaatgtagGTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATC
EST: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAG GTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTAEST: gi|87153562|gb|DY398351.1|DY398351
genomic: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAGgtgctaaggg ... tcaaatgtagGTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTA
EST: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAG GTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTA
genomic: GAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAGgtgctaaggg ... tcaaatgtagGTATGTGCTGTCAAAGCTCCTGGATTTGGTGAAAATAGAAGGCACAATCTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATCGCAAGCCTCTTCTCATTGTTGCTGAGGATGTTGAAGGAGATGCTCTGTCAATGCTTGTACTGAACAAGCATCGTGCTGGACTCAAGgtgctaagggcctgatatatactgtgctgaaatgtttatataagcactggactttcagtacttgttcatgaaagcatgtccttttctttgtctttgttct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA