1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcccatccggataatctggctgactttatggtcagatgttccaagttccagtggattaaacacacctgtgcctggcatttgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G070218_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|50324617|gb|CO519743.1|CO519743
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|60338581|gb|DN205554.1|DN205554
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|211208198|gb|FL442564.1|FL442564
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|211208197|gb|FL442563.1|FL442563
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|211466253|gb|FL386709.1|FL386709
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACEST: gi|148966442|gb|EE017448.2|EE017448
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAAC
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTTTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|166678060|gb|EG120432.1|EG120432
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCEST: gi|86468677|gb|DY235047.1|DY235047
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTC
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|149095243|gb|EE180868.2|EE180868
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTTTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTTTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|60337499|gb|DN204472.1|DN204472
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|78073864|gb|DV502298.1|DV502298
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTTTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|211026346|gb|FL457625.1|FL457625
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTYTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|60354260|gb|DN221233.1|DN221233
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|60337794|gb|DN204767.1|DN204767
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|93281433|gb|EB673697.1|EB673697
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTTTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTTTTTAAGCTGACACCTACTGEST: gi|86466258|gb|DY232630.1|DY232630
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcccatccggataatctggctgactttatggtcagatgttccaagttccagtggattaaacacacctgtgcctggcatttgcag
- - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG