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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCCGCTAATGCCAACACAGGAAATCTTGATGTTTTGCGTAATAACTCACAGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttccatgctttgttgatctcgtcccttttgcaatccattcgcccataattcgtttatgtgcattgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G061620_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|4804466|gb|AI665336.2|AI665336
EST:     TGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: TGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33103619|gb|CF063579.1|CF063579
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33092724|gb|CF052718.1|CF052718
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|32944591|gb|CF049410.1|CF049410
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|88748485|gb|DY532626.1|DY532626
EST:     TCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAAT
genomic: TCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAAC-AAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAAT
EST: gi|211179390|gb|FL472344.1|FL472344
EST:     GGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: GGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33103634|gb|CF063594.1|CF063594
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|60396214|gb|DN229083.1|DN229083
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|6431881|gb|AW172085.1|AW172085
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|101401580|gb|EB822466.1|EB822466
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGTTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|211510600|gb|FL470556.1|FL470556
EST:     AGTTCCAAACCCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCA-TGCTTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAAT
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGC-TTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAAT
EST: gi|16927288|gb|BM080357.1|BM080357
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|32850730|gb|CD990411.1|CD990411
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|211460054|gb|FL445989.1|FL445989
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|211460055|gb|FL445990.1|FL445990
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|33104092|gb|CF064052.1|CF064052
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|16926213|gb|BM079281.1|BM079281
EST:     G-TCCAAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: GTTCC-AAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|78073733|gb|DV502167.1|DV502167
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|211501745|gb|FL041143.1|FL041143
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|78078954|gb|DV507366.1|DV507366
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|60355834|gb|DN222807.1|DN222807
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|60339280|gb|DN206253.1|DN206253
EST:     TTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: TTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|18173700|gb|BM349088.1|BM349088
EST:     TACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGAAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: TACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|76280697|gb|DV020265.1|DV020265
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|76288771|gb|DV028339.1|DV028339
EST:     AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAG                         CCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGTTCCAAAACCTACTTGGTTTGGTTCAGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
EST: gi|4966941|gb|AI691754.1|AI691754
EST:     AGGCTAACCCTCAAATTTTCCAG                         CCATTGNTTCAAGAATTGAGGAACCAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC
genomic: AGGCTAACCCTCAAATTTTGCAGgtctgtttcc ... cattgtgcagCCATTGCTTCAAGAATTGAGGAAACAAAATCCCCGGGTTATGCAGCTAATC