Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATCAAGGGGGGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccccttttacgaaaactttgtaccgcttgttctgattataaagtacgtatatataatcaataggggcaaaccccttctgttctccccatgaaaaaagaatactatcatactatgacactgtcacactgaatgcaacttctcttttctggtatctcttttaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G052479_T01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148961906|gb|EE012693.2|EE012693
EST:     GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCCCAAG                         GACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
genomic: GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccc ... cttttaacagGACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
EST: gi|94472720|gb|EB701678.1|EB701678
EST:     GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAG                         GACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
genomic: GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccc ... cttttaacagGACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
EST: gi|211089074|gb|FL456421.1|FL456421
EST:     GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAG                         GACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
genomic: GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccc ... cttttaacagGACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
EST: gi|149098517|gb|EE184497.2|EE184497
EST:     GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAG                         GACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
genomic: GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccc ... cttttaacagGACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
EST: gi|78103999|gb|DV522417.1|DV522417
EST:     TTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAG                         GACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
genomic: TTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccc ... cttttaacagGACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
EST: gi|76930618|gb|DV172456.1|DV172456
EST:     GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAG                         GACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
genomic: GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccc ... cttttaacagGACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
EST: gi|148938520|gb|EC882841.2|EC882841
EST:     GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAG                         GACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
genomic: GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccc ... cttttaacagGACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
EST: gi|101386886|gb|EB815460.1|EB815460
EST:     GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAG                         GACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
genomic: GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccc ... cttttaacagGACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
EST: gi|71760018|gb|DR957955.1|DR957955
EST:     GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAG                         GACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
genomic: GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccc ... cttttaacagGACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
EST: gi|76930616|gb|DV172454.1|DV172454
EST:     GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAG                         GACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC
genomic: GGTTAATTGTTGCAGGTCCAGGTATCGATAACATCCTGTACATCCACAAGgtcagtgccc ... cttttaacagGACAAAGAAGCCGGAGATGATCCTGACATGCAGGATGTGTTGAGAGCTTGC