Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTGCACACACATCTAATCCAGGATATGCTTGCTATCTGTCGACAGACATTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgcactaatatttttccaattctctgcatgtgcatttttttctctttagtaattttctgagttgtccccaggccggcccatatgggagcctaca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G047867_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G047867_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os06g33710.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GGCTGCACACACATCTAATCCAGGATATGCTTGCTATCTGTCGACAGACATTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgcactaatattttt-ccaattctctgcatgtgcatttttttctctttagtaattttctgagttgtccccaggccggcccatatgggagcctaca-
||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||  | |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||    |||  |    ||| |    ||  | | ||||| | |  || |     || ||  | | ||  ||  |||           ||       |    | 
GGCTGCACACACATCTAATTCAAGATATGCTTTCTATCTGTCGTGAAACATTCAAGGGAGCTGTGCATTATGCCTGGACAAGCGTTCCTACCTATCCTAGgtccgttgctttcccttttctgttcatagtttccatgtacctcattgttatcgta-tacatatatgtcttagccctcaat-aatttatgcactttctgctaa

upper sequence: GRMZM2G047867_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv16s0050g02670.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GGCTGCACACACATCTAATCCAGGATATGCTTGCTATCTGTCGACAGACATTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgta-ttatgcactaatatttttccaattct--ctgcatgtgcatttttttctctttagta-attttctgagttgtccccaggccggcccatatgggagcctaca
|||| ||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||  | |||||||| ||| | || || ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||| | ||| | | || | | |  |   ||   |||        |||||||||||| ||  |||  |                 ||   || ||| ||      
GGCTCCACACACATCTTATTCAGGATATGCTTTCTATTTGTCGTGAAACATTCAAGGGTTCGGTCCATTATGCATGGGCAAGTGTTCCTACATATCCAAGgtaatcatgtattgatctctatatatggctaattgctctactgattttttctctttggtctattgccctttccagaaatgataagggtgatttggaagat----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71333305|gb|DR803709.1|DR803709
EST:     TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAG                         TGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
genomic: TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
EST: gi|5871424|gb|AW017895.1|AW017895
EST:     TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAG                         TGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
genomic: TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
EST: gi|71333307|gb|DR803710.1|DR803710
EST:     TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGGCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAG                         TGGGGTCATTGGATTTTTGC
genomic: TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGC
EST: gi|5895598|gb|AW036844.1|AW036844
EST:     TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAG                         TGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
genomic: TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
EST: gi|88757916|gb|DY542057.1|DY542057
EST:     TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAG                         TGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
genomic: TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
EST: gi|5791184|gb|AI977976.1|AI977976
EST:     TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAG                         TGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
genomic: TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
EST: gi|93014144|gb|EB639664.1|EB639664
EST:     CAACATATCCCAG                         TGGGGTCATTGGATTTTTGTTATGTGCAAAAGAAGGTCGGGCAGGGAACTT
genomic: CAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
EST: gi|60350962|gb|DN217935.1|DN217935
EST:     TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAG                         TGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
genomic: TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
EST: gi|88757915|gb|DY542056.1|DY542056
EST:     TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAG                         TGGGGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
genomic: TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
EST: gi|71757236|gb|DR955173.1|DR955173
EST:     TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAG                         TGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
genomic: TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
EST: gi|5847488|gb|AW000567.1|AW000567
EST:     TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAG                         TGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT
genomic: TTCAAAGGTGCTGTGCACTATGCCTGGACAAGTGTTCCAACATATCCCAGgtattatgca ... ggatttccagTGGTGTCATTGGATTTTTGCTATGTGCAAAAGAAGGTCGTGCAGTGAACTT