Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATGGTGAATCATTTCCTGTATCTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttcttatatcgattaatggaagtgaagagttcaaattgatcaggcttcccttgatggattgtctgcaaatctttttttatggatgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G043198_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os08g42410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
TTATGGTGAATCATTTCCTGTATCTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttct-----tatatcgattaatggaagtgaagagttcaaattgatcaggcttcccttgatggattgtctgcaaatctttttttatggatgtag---------------------
 |||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |     | ||| ||||         || |||||  | ||| ||||| |||  ||  ||| ||| ||| ||   ||| ||| ||   |  |                     
CTATGGTGAATCATTCCCTGTTTCTGCGGAAGTTCTTGATTCTAGCTTCTGTCTTCCGATTGGGAAGGCTAAGgtatgctgtatagttgtattgatttcgtagtaggatgagttttatttggtcaggtttcggtttctggtttgcctggaagagtttatttctgatggctgctttcatttttctatgtgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31356807|gb|CD441164.1|CD441164
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32801932|gb|CD954168.1|CD954168
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATGGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|110221099|gb|EC902997.1|EC902997
EST:     CTGGTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|71431245|gb|DR812295.1|DR812295
EST:     CTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|148928998|gb|EC874173.2|EC874173
EST:     GCCTTCCGATTGGAAAGGGTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCCCTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: GCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32788226|gb|CD940462.1|CD940462
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|76282095|gb|DV021663.1|DV021663
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|31349832|gb|CD434189.1|CD434189
EST:     CTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTCTT                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|67038743|gb|CO464998.1|CO464998
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|60396979|gb|DN229798.1|DN229798
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|463331|gb|T18298.1|T18298
EST:     CTNCTGAGGTACTTNATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32801690|gb|CD953926.1|CD953926
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|31349833|gb|CD434190.1|CD434190
EST:     TTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTATG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: TTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|6031329|gb|AW076186.1|AW076186
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32802072|gb|CD954308.1|CD954308
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|71432758|gb|DR813808.1|DR813808
EST:     ATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: ATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|44900498|gb|CK827043.1|CK827043
EST:     TGCTGAGGTACTTGATTTCTAGCTTCTCCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: TGCTGAGGTACTTGA-TTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|60340970|gb|DN207943.1|DN207943
EST:     GGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: GGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|5566870|gb|AI881781.1|AI881781
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG