1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
AGAATCTGACATAACAAAGGAGCGAATTGAGAAAATTCTCAAGGCTGGAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgtttttcattattcaggcagaagtgattctagttttttagttgctctggttaactttgcaacagaatggcacattttgctttcatactattagttt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G039263_T02 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGATEST: gi|211163739|gb|FL337964.1|FL337964
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTNGTTGAGGCTGGTGCGATWGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGATEST: gi|211239408|gb|FL328610.1|FL328610
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGATEST: gi|211157236|gb|FL334269.1|FL334269
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCEST: gi|211149768|gb|FL359580.1|FL359580
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGC
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTC-TTGAAG TACCTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCEST: gi|211469893|gb|FL096482.1|FL096482
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGC
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGATEST: gi|67021395|gb|CO450144.1|CO450144
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGATEST: gi|7238110|gb|AW573332.1|AW573332
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGATEST: gi|211195400|gb|FL324707.1|FL324707
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGATEST: gi|60343155|gb|DN210128.1|DN210128
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGATEST: gi|31440979|gb|CD510410.1|CD510410
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGATEST: gi|61119168|gb|DN560129.1|DN560129
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGATEST: gi|67018449|gb|CO447198.1|CO447198
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
EST: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAG TACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
genomic: GAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgttttt ... catttttcagTACTTTGTTGAGGCTGGTGCGATTGCAGTAAGGCGTGTGCGCAAGGAAGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGAATCTGACATAACAAAGGAGCGAATTGAGAAAATTCTCAAGGCTGGAGCTAATGTTGTGTTGACCACCAAGGGAATTGACGATATGTCCTTGAAGgtgtgtttttcattattcaggcagaagtgattctagttttttagttgctctggttaactttgcaacagaatggcacattttgctttcatactattagttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caacagaa