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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagatcttcattcctaatgcatttattctgttttacaaatttatagtcaactgtaaaggtatttgcctctttgtgccgtctgacacttaactacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G016184_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G016184_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g46410.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagatcttcattcctaatgcatttat------tctgttttacaaatttatagtcaactgtaaaggtatttgcc-tctttgtgccgtctgacacttaactacag------------------
|| ||||||||| || ||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||| |||||||| ||| || | |||| || ||||||||||      | | || ||     || |  | |  |||| |  ||       ||| | |||  ||| |||| |   ||| |                  
GTTGCAAGGATACTTCTGTTCATTTACGTATTCTATCACATCTATTTGCACTACAGTCAGgtaataacatatccattgctgatgcatttatggactctttattctattttattgtgtttatatgtacaaatacacataatctctatgctatctaacacattcttactgttctatcttcttatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37375483|gb|CF624180.1|CF624180
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|211033261|gb|FL440337.1|FL440337
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|6465580|gb|AW191175.1|AW191175
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|12972667|gb|BG268096.1|BG268096
EST:     ATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATGCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: ATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACAT-CTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|86474267|gb|DY240637.1|DY240637
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|12972723|gb|BG268124.1|BG268124
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|166415244|gb|EG271140.1|EG271140
EST:     ATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: ATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|6526808|gb|AW216077.1|AW216077
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|32910942|gb|CF015754.1|CF015754
EST:     TATTTTTGTTTATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|6466756|gb|AW191416.1|AW191416
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|37391506|gb|CF632996.1|CF632996
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|71760532|gb|DR958469.1|DR958469
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|60400317|gb|DN233124.1|DN233124
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|148953652|gb|EC899011.2|EC899011
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|50338097|gb|CO533223.1|CO533223
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTCCCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|6827703|gb|AW331346.1|AW331346
EST:     TTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|211286255|gb|FL063748.1|FL063748
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTNGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATC
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTT-GGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATC
EST: gi|83279176|gb|DV943184.1|DV943184
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|76293603|gb|DV033171.1|DV033171
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCCTTTGG
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCC-TTTGG
EST: gi|50322745|gb|CO517871.1|CO517871
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|67030326|gb|CO459075.1|CO459075
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|76293602|gb|DV033170.1|DV033170
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|148947019|gb|EC892316.2|EC892316
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|148953653|gb|EC899012.2|EC899012
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTT-GGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCA
EST: gi|83278187|gb|DV942195.1|DV942195
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|67017667|gb|CO446416.1|CO446416
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA