1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
GGTGAGACCAATATAAAGCCATTGTGGGGTACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatcttggaatcttgattatgtgtgttataatttatataaacaaagttatggacttagagaatgtctagaggctaagagcactcttcactaatattgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G005493_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG CCCAGAGGTTAANGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTEST: gi|67027757|gb|CO456506.1|CO456506
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTEST: gi|67019408|gb|CO448157.1|CO448157
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTEST: gi|67037452|gb|CO464268.1|CO464268
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: CACGGAGCTTCT-CTAG CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTEST: gi|148950087|gb|EC895623.2|EC895623
genomic: CACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTEST: gi|76286923|gb|DV026491.1|DV026491
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGT
EST: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGEST: gi|67010832|gb|CO439581.1|CO439581
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTG
EST: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTGAGACCAATATAAAGCCATTGTGGGGTACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatcttggaatcttgattatgtgtgttataatttatataaacaaagttatggacttagagaatgtctagaggctaagagcactcttcactaatattgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT