Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACGTGAGAAACGTGTTTCGGTGGAACGGTGTGTTGAACTGACAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttcattctgaacactgcatcatagttgtgatgcttgaagtctaattttatttttgctgtatcatgcaatagtaaattccatgattgtttagtaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G003692_T01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32919173|gb|CF023985.1|CF023985
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|31362808|gb|CD447165.1|CD447165
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|32940746|gb|CF045565.1|CF045565
EST:     CAATTGTTGTTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGT
EST: gi|211495955|gb|FL480154.1|FL480154
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGATTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|211078663|gb|FL128724.1|FL128724
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|60353742|gb|DN220715.1|DN220715
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|5915523|gb|AW053164.1|AW053164
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|88757474|gb|DY541615.1|DY541615
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|32909212|gb|CF014024.1|CF014024
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|32864068|gb|CF003750.1|CF003750
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|31363218|gb|CD447575.1|CD447575
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|6022668|gb|AW067596.1|AW067596
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|32847718|gb|CD987399.1|CD987399
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGT
EST: gi|7227555|gb|AW566196.1|AW566196
EST:     GAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: GAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|12968787|gb|BG265824.1|BG265824
EST:     CCATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|113703640|gb|EE681144.1|EE681144
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|78021266|gb|DV489653.1|DV489653
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|211078661|gb|FL128722.1|FL128722
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGATTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|6101980|gb|AW126450.1|AW126450
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|32919094|gb|CF023906.1|CF023906
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|71767908|gb|DR965845.1|DR965845
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|91875090|gb|EB405047.1|EB405047
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|22935891|gb|BU572166.1|BU572166
EST:     GGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCCACAATTGGTTAT
genomic: GGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|32856553|gb|CD996234.1|CD996234
EST:     GACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: GACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|37390564|gb|CF632514.1|CF632514
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
EST: gi|88757473|gb|DY541614.1|DY541614
EST:     CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAG                         CCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT
genomic: CAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttca ... ttgtttgcagCCTGTGCTGACTGTTATGTACTTGGTGCAATACATGCCAACAATTGGTTAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAACGTGAGAAACGTGTTTCGGTGGAACGGTGTGTTGAACTGACAATTGTTGCTGCTACTCATGGACTGAAAGAAGCATGGATATCATATCAGgtatatttcattctgaacactgcatcatagttgtgatgcttgaagtctaattttatttttgctgtatcatgcaatagtaaattccatgattgtttagtaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA