Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctctttttacttaatcgttagcttttcaatttattgatagcctaacgtgtatgcaattaaaccagcactaaggattggatcacatcataactg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000393_T01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G000393_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g07905.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctctt-tttacttaatcgttagcttttcaatttattgatagccta----acgtgtatgcaattaaaccagcactaaggattggatc-acatcataactg
|||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    ||  ||||||||||||||||||| |  ||  | | |||  ||| |||| | |||||| | |   ||    || || |||  || |    | ||| ||  |    ||| |  |||||    
CTGGATTAATTGAGATGCTTGAAGCCCGTCGAGGTAGCCAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctttcattcccatcatcagtaggttttta-tttatttagattttagacaacatgcatggcat-atgttaacaccaactagaccatccatttcata----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32928477|gb|CF033289.1|CF033289
EST:     ACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: ACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|71435122|gb|DR816172.1|DR816172
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|60338589|gb|DN205562.1|DN205562
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|71436236|gb|DR817286.1|DR817286
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCACCAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|50323552|gb|CO518678.1|CO518678
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|4775973|gb|AI664976.1|AI664976
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|78021331|gb|DV489718.1|DV489718
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|32846895|gb|CD986576.1|CD986576
EST:     ACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAACTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: ACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|33091019|gb|CF051013.1|CF051013
EST:     TACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTC-ACCTC
genomic: TACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|60346760|gb|DN213733.1|DN213733
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|71426993|gb|DR808043.1|DR808043
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|32929367|gb|CF034179.1|CF034179
EST:     ACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: ACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|61119808|gb|DN560769.1|DN560769
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|60344825|gb|DN211798.1|DN211798
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|149005473|gb|EE040028.2|EE040028
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCACCAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|71772159|gb|DR970096.1|DR970096
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|149096404|gb|EE182138.2|EE182138
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|110200892|gb|EC882789.1|EC882789
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|24765385|gb|CA400544.1|CA400544
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|67038278|gb|CO464608.1|CO464608
EST:     AGGATTGTACATGGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAAGA                         GGGCCAACA-TGTTATGAACCTG
genomic: AGGATTGTACATGGG-TTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAA-GAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTG
EST: gi|21828587|gb|BQ703271.1|BQ703271
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|78093004|gb|DV521378.1|DV521378
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|211130920|gb|FL136658.1|FL136658
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAA
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGG-CCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAA
EST: gi|60346466|gb|DN213439.1|DN213439
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|148940752|gb|EC885572.2|EC885572
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|15082759|gb|BI389443.1|BI389443
EST:     GGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: GGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|113703856|gb|EE681360.1|EE681360
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|5124017|gb|AI745858.1|AI745858
EST:     CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA                         GGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctc ... tcaatttcagGGGCCAACAATGGTATGAACCTGAGTGGTGGAAATTTGGAGATTCAAAAAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctctttttacttaatcgttagcttttcaatttattgatagcctaacgtgtatgcaattaaaccagcactaaggattggatcacatcataactg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA