Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGCATATACCTGTAACACAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaactagacttagttacttacattttcccatcggtacatacaataatggcatgcactgcctaatttattattgttcataaaaaagctgatgccat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G850355_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G850355_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g42320.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GAGCATATACCTGTAACACAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact--agacttagttacttacattt-tcccatcggtacatacaataatggcatgcactgcctaatttattattgttcataaaaaagctgatgccat
||   ||| ||||| || |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||   |||  ||| ||    | ||  ||   |   || | || |||  ||| |      |     | |  | |||| | |  ||  | |   |  ||    
GAAACTATCCCTGTTACTCAGCTTGTCCGAGAAACTGCTGCTGTTATGCAGGAGTTCACACAGTCTGGgtatgctacttcagagttttccatttctatcaatgatattgttaaataatatattcttgcacttgttcgacctaattaatttgtatggatatatttgtgg---

upper sequence: GRMZM5G850355_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv01s0011g01960.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GAGCATATACCTGTAACACAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaactagacttagttacttacattttcccatcggtacatacaataatggcatg--cactgcctaatttattat---tgttcataaaaaagctgatgccat--
||    || ||||| || || |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||   | |   |  |  ||| | |   |     ||  |    | |||| ||  | ||   | || ||||      ||   || |  ||    ||||      ||  
GAATCAATCCCTGTCACGCAACTTGTGAGGGAGACTGCAGCTGTTATGCAGGAGTTCACTCAATCTGGgtaaccacc---atctcattagt-atgatgattaattagc---tgcaatcatttcctgattagtgtctaaagagagatacatgattttaggggagcttgaaagatca

upper sequence: GRMZM5G850355_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: EDO97600 (Chlamydomonas reinhardtii), 5'ss of exon 2
---------------------------------------GAGCATATACCTGTAACACAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaactagacttagttacttacattttcccatcggtacatacaataatggcatgcactgcctaatttattattgttcataaaaaagctgatgccat
                                       ||||| || || ||  ||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| || || |     | || || |  |       || |     |   | ||      | |   |    | |||| |     ||  |  ||| | | |   | |      
GCGCGCAAGACTGCGCAGGCGTACTTCCAGACCTACAAGGAGCACATCCCGGTGGCACAGCTCGTGCGTGAGACGGCGGCTGTGATGCAGGAGTTCACAC-

upper sequence: GRMZM5G850355_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: PP1S61_202V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
GAGCATATACCTGTAACACAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaactagacttagttacttacattttcccatcggtacatacaataatggcatgcactgcctaatttattattgttcataaaaaagctgatgccat--
|| |  || ||  |  | ||  | ||  | ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    |  |   | | |||| ||    |   || |    |  ||  |   ||  ||            || | | ||||  |    |   |||    |   
GAACCCATTCCATTGTCGCAATTGGTTAGAGAGACAGCTGCAGTGATGCAGGAGTTCACACAATCAGGgtgcgaatttcttcgtggttattttagatgctccttgtcaagctatgactttgagatttctattggtgcttctaagtgtt--ttgggatattgagattaata

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32942863|gb|CF047682.1|CF047682
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|60355411|gb|DN222384.1|DN222384
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|60346286|gb|DN213259.1|DN213259
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211362042|gb|FL326986.1|FL326986
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACNA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|6020544|gb|AW065472.1|AW065472
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32865823|gb|CF005505.1|CF005505
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|12967997|gb|BG264944.1|BG264944
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCCTTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211062081|gb|FL465317.1|FL465317
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|14203539|gb|BG837216.1|BG837216
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|15427202|gb|BI543024.1|BI543024
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACA
EST: gi|32934694|gb|CF039506.1|CF039506
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGAC
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGAC
EST: gi|14243343|gb|BG841010.2|BG841010
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|22520740|gb|BU079551.1|BU079551
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|16918711|gb|BM073864.1|BM073864
EST:     CAGCTTG-GCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|5566889|gb|AI881800.1|AI881800
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|87156656|gb|DY401445.1|DY401445
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211218837|gb|FL350383.1|FL350383
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|14242859|gb|BG840665.2|BG840665
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32908069|gb|CF012882.1|CF012882
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|113702959|gb|EE680463.1|EE680463
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32931156|gb|CF035968.1|CF035968
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211411607|gb|FL320443.1|FL320443
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGAC
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGAC
EST: gi|32932932|gb|CF037744.1|CF037744
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGAT-GNCTGGGTACGATGACA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTG-CTGGGTATGATGACA
EST: gi|211372616|gb|FL325639.1|FL325639
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATC
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATC
EST: gi|60359187|gb|DN226160.1|DN226160
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|56382484|gb|CV985153.1|CV985153
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32931645|gb|CF036457.1|CF036457
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32930042|gb|CF034854.1|CF034854
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|71331110|gb|DR802381.1|DR802381
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|9461620|gb|BE453822.1|BE453822
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|71331106|gb|DR802380.1|DR802380
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211062082|gb|FL465318.1|FL465318
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211156517|gb|FL164231.1|FL164231
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGKTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32868632|gb|CF008314.1|CF008314
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|14204267|gb|BG837944.1|BG837944
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|29167732|gb|CB410992.1|CB410992
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211100498|gb|FL307608.1|FL307608
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|28931244|gb|CB334605.1|CB334605
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211028588|gb|FL333340.1|FL333340
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211040642|gb|FL333768.1|FL333768
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATT
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATT
EST: gi|60354522|gb|DN221495.1|DN221495
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|8367928|gb|BE050873.1|BE050873
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGAT
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGAT
EST: gi|78021721|gb|DV490108.1|DV490108
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGATTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32849719|gb|CD989400.1|CD989400
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|31910204|gb|CD651307.1|CD651307
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|12967998|gb|BG264945.1|BG264945
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGG
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGG
EST: gi|5456381|gb|AI834071.1|AI834071
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGNTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211158124|gb|FL164253.1|FL164253
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|40337252|gb|CK371322.1|CK371322
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|67018206|gb|CO446955.1|CO446955
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|6031332|gb|AW076189.1|AW076189
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211227292|gb|FL365228.1|FL365228
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAAGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|5895580|gb|AW036826.1|AW036826
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|26559204|gb|CA831439.1|CA831439
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|5456374|gb|AI834064.1|AI834064
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|60341905|gb|DN208878.1|DN208878
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|6653876|gb|AW267281.1|AW267281
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCNCCCAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCNCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|31355634|gb|CD439991.1|CD439991
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32906923|gb|CF011736.1|CF011736
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 401

GAGCATATACCTGTAACACAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGCCCACAGTTGTATCAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 372

GAGCATATACCTGTAACACAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGCCCACAGTTGTATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 477

GAGCATATACCTGTAACACAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGCCCACAGTTGTATCAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 370

GAGCATATACCTGTAACACAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGCCCACAGTTGTATCAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGCATATACCTGTAACACAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaactagacttagttacttacattttcccatcggtacatacaataatggcatgcactgcctaatttattattgttcataaaaaagctgatgccat

- - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT