Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCCAGAAAGCCTCTAGTGTCATGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgttaaattaatatctgcaacaacaccaaagccttttagtcccaaacaagttggggtaggctagagttgaaacctaatggaaaaccacaagtcaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G834205_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G834205_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os08g01740.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
-----TCCAGAAAGCCTCTAGTGTCATGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtat---------gtgttaaattaatatctgcaacaacaccaaagcctttt--agtcccaaacaagttggggtaggctagagttgaaaccta-atggaaaaccacaagtcaa-----------------------------------------------------------------------------
     | | |||||| |||||||||||||||||  | | ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||         |  ||  ||    || |||   | ||  |    |||||  | | |   |    |     |||  |    ||    | |   |      || |  |  ||                                                                             
TATAATTCGGAAAGCTTCTAGTGTCATGGAAGTTCTAAAGGACGTGCTTGATTCGATGGATCCTAGACACCCTGAGgtatagatatggtggattgtatcctcatttgcgtgatcaatagtttctttttcatttcttgattgttgtttatagatttacctttttgctttcgtatgcctcctccggggaaaataacttaagaggcaatttatttttctcaagcaccgtgaactcttacatggttatatctgcaactgtattttgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149079652|gb|EE168649.2|EE168649
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|93015304|gb|EB640824.1|EB640824
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|93015622|gb|EB641142.1|EB641142
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|149083864|gb|EE173239.2|EE173239
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|71428013|gb|DR809063.1|DR809063
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|78107222|gb|DV525640.1|DV525640
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|71421501|gb|DR805467.1|DR805467
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|211276223|gb|FL230638.1|FL230638
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|149102741|gb|EE288090.2|EE288090
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|71320275|gb|DR796886.1|DR796886
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|71302875|gb|DR787549.1|DR787549
EST:     AGGGATGTGCTTATTTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGATTTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACG-TTCAG
genomic: AGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|76291817|gb|DV031385.1|DV031385
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|78116688|gb|DV535075.1|DV535075
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|76282167|gb|DV021735.1|DV021735
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|101391432|gb|EB817651.1|EB817651
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|148952812|gb|EC898804.2|EC898804
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|32837204|gb|CD976882.1|CD976882
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGT
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGT
EST: gi|76021099|gb|DT948269.1|DT948269
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGAGGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|71326004|gb|DR799684.1|DR799684
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|76924362|gb|DV169916.1|DV169916
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|89249854|gb|DY621640.1|DY621640
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|148938286|gb|EC882590.2|EC882590
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|71428014|gb|DR809064.1|DR809064
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTTATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGGCA-CGGATGAATTT
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAG-CAACGGATGAATTT
EST: gi|86472430|gb|DY238800.1|DY238800
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|211390578|gb|FL303487.1|FL303487
EST:     CTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: CTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|149085134|gb|EE174639.2|EE174639
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|76927739|gb|DV171347.1|DV171347
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|149088092|gb|EE287276.2|EE287276
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|149059924|gb|EE157051.2|EE157051
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|84970062|gb|DW468434.1|DW468434
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|74245587|gb|DT653501.1|DT653501
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|78091790|gb|DV520164.1|DV520164
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|149085242|gb|EE174748.2|EE174748
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|50339159|gb|CO534285.1|CO534285
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|76281749|gb|DV021317.1|DV021317
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|71421504|gb|DR805468.1|DR805468
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAA
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|149105965|gb|EE291598.2|EE291598
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|48690727|gb|CO049262.1|CO049262
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
EST: gi|93017402|gb|EB642922.1|EB642922
EST:     TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAG                         GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG
genomic: TGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 334

TCCAGAAAGCCTCTAGTGTCATGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 206

TCCAGAAAGCCTCTAGTGTCATGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 266

TCCAGAAAGCCTCTAGTGTCATGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 229

TCCAGAAAGCCTCTAGTGTCATGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgtta ... gttcttgtagGGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCCAGAAAGCCTCTAGTGTCATGGAAGTATTGAGGGATGTGCTTAATTCTATGGATCCTAGGCACCCTGAGgtatgtgttaaattaatatctgcaacaacaccaaagccttttagtcccaaacaagttggggtaggctagagttgaaacctaatggaaaaccacaagtcaa

- - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaacca