1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TTGATGCCCTAGATAAGAACAAGAACACTCCGTTGCACTATGCTGCTGGGTATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaaccatctgtttccttatttcttaacattggcaattccaatatgtagttgtgtttgacttgtcaagacgattacag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G800734_T02 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|20513053|gb|BQ280239.1|BQ280239
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|12972249|gb|BG267888.1|BG267888
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: ATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|60346930|gb|DN213903.1|DN213903
genomic: ATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|30087804|gb|CB886010.1|CB886010
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTACAAAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAGCTCAAEST: gi|32823312|gb|CD963034.1|CD963034
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: GATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|13381712|gb|BG458267.1|BG458267
genomic: GATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|60355695|gb|DN222668.1|DN222668
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|113704194|gb|EE681698.1|EE681698
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|74034821|gb|DT535312.1|DT535312
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|21809483|gb|BQ667801.1|BQ667801
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|33091656|gb|CF051650.1|CF051650
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|14243333|gb|BG840971.2|BG840971
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|4610100|gb|AI600939.1|AI600939
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: AGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|13515751|gb|BG518027.1|BG518027
genomic: AGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: GTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|21394198|gb|BQ538628.1|BQ538628
genomic: GTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|31558361|gb|CD527573.1|CD527573
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|4621551|gb|AI612384.1|AI612384
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: ATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|213182765|gb|FM187299.1|FM187299
genomic: ATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|5030685|gb|AI714879.1|AI714879
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|17921593|gb|BM259244.1|BM259244
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|17921594|gb|BM259245.1|BM259245
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|60338870|gb|DN205843.1|DN205843
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|37398879|gb|CF636759.1|CF636759
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|60399415|gb|DN232227.1|DN232227
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|37390740|gb|CF632604.1|CF632604
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|78179376|gb|DV549749.1|DV549749
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAGCTCAAEST: gi|33468092|gb|CF245141.1|CF245141
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: GAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGG-GCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAAEST: gi|109179476|gb|EC380017.1|EC380017
genomic: GAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
EST: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGT CACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
genomic: TATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaac ... acgattacagCACGCTCCAGAATCTGGACGGGAAAACCCCCATCGAGGTTGCCAAACTCAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGATGCCCTAGATAAGAACAAGAACACTCCGTTGCACTATGCTGCTGGGTATGGTCGGAAGGAATGTGTGGATCTTCTGTTGAAGTATGGTGCTGCTGTgtaagtcaaccatctgtttccttatttcttaacattggcaattccaatatgtagttgtgtttgacttgtcaagacgattacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT