Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttgagatagattgttagccttattcaatcctaatatgcttgaatggaatataatgtgccataataaatcccgatgttattcttcctttttgtag...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G474236_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G474236_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os07g31460.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttgagatagattgtta---gccttatt-caatcctaatatgcttgaatggaatataatgtgccataataaatcccgatgttattcttcctttttgtag-
||||| | ||||| |  ||||  |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||      |   |  |||    |||| || ||  | ||| |   ||||   | |   | |        | ||||||   |   ||        | || |  
GTTGGATAATTTACAAGATGCTTGATGGCCAAACTTGCGAGTTGGATTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGTTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtatagcaactttgtttccttacatacctttttacacacataacaccgttgataagcaaccattacagtgcca-aaatcctagtaacatgaag----tatgcaac

upper sequence: GRMZM2G474236_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA03G40660.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaag---ttgagatagattgttagccttattcaatcctaatatgcttgaatggaatataatgtgccataataaatcccgatgttattcttcctttttgtag-----
||||| |  | |||| ||     | |  | | |  |  ||| | |   ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |   ||| |||  |   | |    |     ||  |  |   |||   ||  || || | |   |   |||||    ||||| ||  |||||  | ||      
GTTGGGTCGTGTATAGAACATTTGGTAACGAGATGTTTGAGCTTGTAGCATATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtatggactttgggatgtacgctgaaatatgcctgattttttt---ctttgttgctat-tattatcatagcttaaat----atgtttttgatccttgatatatacccg

upper sequence: GRMZM2G474236_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA19G43320.4 (Glycine max), 5'ss of exon 15
GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaag---ttgagatagattgttagccttattcaatcctaatatgcttgaatggaat-ataatgtgccat--aataaatcccgatgttattcttcctt--tttgtag--------
                ||     |||  ||| |  |  ||| | |   ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |   |||  ||  ||  | |       |  || ||  | |   |   |   || || ||     ||  ||| | |      |||| ||| ||||   || |||        
----------------AACATTTGATAACAAGATGTTTGAGCTTGCAGCATATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGGTACGGACTTTGGAATgtatgctgaattactcttgattctgttctttgttgctattattattattaattatttaatgagtagttgagttactctgccttaccttatagtgttctct

upper sequence: GRMZM2G474236_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA19G43320.2 (Glycine max), 5'ss of exon 15
GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaag---ttgagatagattgttagccttattcaatcctaatatgcttgaatggaat-ataatgtgccat--aataaatcccgatgttattcttcctttttgtag
||||| |  | |||| ||     |||  ||| |  |  ||| | |   ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |   |||  ||  ||  | |       |  || ||  | |   |   |   || || ||     ||  ||| | |      |||| ||| ||||       
GTTGGGTCGTGTATAGAACATTTGATAACAAGATGTTTGAGCTTGCAGCATATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtacggactttggaatgtatgctgaattactcttgattctgttctttgttgctattattattattaattatttaatgagtagttgagttactctgcctta------

upper sequence: GRMZM2G474236_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv14s0030g01930.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
GTTGGCTGATT-TATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagtt----gagatagattgtta-gccttattcaatcctaatatgcttgaatggaatataatgtgccataataaat--cccgatgttattcttcctttttgtag
||||   |||| ||||||| | || |    || |     ||  | | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||   ||    || | | | || || |  ||||    | ||   ||| |  | |  ||| | || | |  ||| |||   | |||   | |      |||      
GTTGTTGGATTATATACAAAGTAA-ACAATAAGATGCAAGAACTTGTGGCATATGAGTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGAGATCCAATGGATTGgtacgcttttctgaaacataatgctatggtttatctttttctccaatgtt--acttcaattttatttcctttaacaaagaactcgaaaatgtagaagtttta-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211120309|gb|FL433022.1|FL433022
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|26558437|gb|CA830672.1|CA830672
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|87155597|gb|DY400386.1|DY400386
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|32863285|gb|CF002967.1|CF002967
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|76926868|gb|DV171024.1|DV171024
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCCCCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|71766468|gb|DR964405.1|DR964405
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|76919531|gb|DV167764.1|DV167764
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|4630556|gb|AI621430.1|AI621430
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|83279043|gb|DV943051.1|DV943051
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|76291468|gb|DV031036.1|DV031036
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|32935691|gb|CF040503.1|CF040503
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGT
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|18168893|gb|BM338733.1|BM338733
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|32936388|gb|CF041207.1|CF041207
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|113818454|gb|DW940080.1|DW940080
EST:     CAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: CAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|32837608|gb|CD977286.1|CD977286
EST:     TATGGTTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGG
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGG
EST: gi|22545635|gb|BU097994.1|BU097994
EST:     TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|71421571|gb|DR805500.1|DR805500
EST:     CATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCCCCTGGAATATACTTGATGC
genomic: TATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
EST: gi|18168382|gb|BM338222.1|BM338222
EST:     AATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTG                         GGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC
genomic: -ATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 130

GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCTCGGAATTCAGAAATGTTCGAGAGCCGTTTCCTGAGGAAAACATTTACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 103

GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCTCGGAATTCAGAAATGTTCGAGAGCCGTTTCCTGAGGAAAACATTTACA


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 90

GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCTCGGAATTCAGAAATGTTCGAGAGCCGTTTCCTGAGGAAAACATTTACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 107

GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttga ... tttatgtcagGGTTCTTGAAGGGAGCGCAGACGGAGGCTCCACCTGGAATATACTTGATGCTCGGAATTCAGAAATGTTCGAGAGCCGTTTCCTGAGGAAAACATTTACA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaagttgagatagattgttagccttattcaatcctaatatgcttgaatggaatataatgtgccataataaatcccgatgttattcttcctttttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG