Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATATTCAGAGTCTCTTGCGCGCTTTCAAGGAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaatcgaatctgttaatataatacttctcgagtgggcaccatggtccttgatgatacagtgcttgttttgagctacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G435373_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G435373_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
CTATATTCAGAGTCTCTTGCGCGCTTTCAAGGAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaatcgaatctgttaatataa-tacttctcgagtgg---gcac-catggtccttgatgatacagtgcttgttttgagctacag
 ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||    | ||||||| ||| ||| | ||  || |   || |   || |    |||| |    ||      ||   | ||||
TTATATGCAGAGTCCCTTGCACGCTTTCAAGGAGGTTCACCTTATATTTATCCACTGTACGGTCTGGGTGAGCTGCCACAGgttagtcaatt---tgtgttaatttaaatacatgtcatgttgcatgcgcatgtgttttaagatggtcatctgtaatgcttattccacag

upper sequence: GRMZM2G435373_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
CTATATTCAGAGTCTCTTGCGCGCTTTCAAGGAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaatcgaatctgttaatataatacttctcg-agtgggcac-catggtcct----tgatgatacagtgcttgttttgagctacag----------------
|||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| |||||| | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||       ||||||   ||||| | ||  | ||      |||| |  |    || | ||| |   |   || | |   | |                 
CTATATGCAGAGTCCCTTGCACGTTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATTTATCCACTCTATGGGCTGGGTGAGCTGCCACAGgttagtgaaattttaatgttaagtaaatacctgtcatactgcatgtgcatgtttttaagatggtcatatataacgctttcttattcaaatatttcttattccacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32846965|gb|CD986646.1|CD986646
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
EST: gi|6031345|gb|AW076202.1|AW076202
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGNTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|32938598|gb|CF043417.1|CF043417
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTA
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTA
EST: gi|67031426|gb|CO460175.1|CO460175
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|33094579|gb|CF054573.1|CF054573
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGT
EST: gi|32939909|gb|CF044728.1|CF044728
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTAC
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTAC
EST: gi|32856054|gb|CD995735.1|CD995735
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATTCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|32932660|gb|CF037472.1|CF037472
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGNCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|47962286|gb|CN844995.1|CN844995
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCCGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|211034436|gb|FL381555.1|FL381555
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|211445979|gb|FL406296.1|FL406296
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|211259815|gb|FL426651.1|FL426651
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|32932658|gb|CF037470.1|CF037470
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|211346475|gb|FL413228.1|FL413228
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAG
EST: gi|33104315|gb|CF064275.1|CF064275
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTGTGGACTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTAC
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTAC
EST: gi|32939179|gb|CF043998.1|CF043998
EST:     GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAG                         GGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTA
genomic: GAGGCTCGCCATATATCTATCCATTGTATGGTCTGGGTGAGCTACCACAGgtcagtcaat ... tgagctacagGGTTTTGCACGATTGAGTGCTGTTTATGGTGGTA