Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGCACAAGATCTTGGCCTGTCTATTGAACTTCTTCCACTGAGCCCGCCTGATGACCAGTTCAACATGTCCCTGTTTTATGCAgtaagtctccataattgttttttttccttttctctatgtgctaactgctgaacaatttcaattgcccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G414496_T08
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G414496_T07 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os07g08729.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GATGCACAAGATCTTGGCCTGTCTATTGAACTTCTTCCACTGAGCCCGCCTGATGACCAGTTCAACATGTCCCTGTTTTATGCAgtaagtctccataattgt-tttttttccttttctctatgtgctaactgctgaacaatttcaattgcccag
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||   ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||    | ||   |      | || || | ||| ||| |||||   | ||| |||||
GATGCACAAGATCTTGGCCTGTCCATTGAACTTCTTCCTTTGAGTAGGCCCGATGAGGAGTTCAACATGTCCCTGTTTTATGCAgtaaatctcttttatcacatattgcgcaacccttttaagttccaacggctaaacaacacctatttcccag

upper sequence: GRMZM2G414496_T07 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA20G39280.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GATGCACAAGATCTTGGCCTGTCTATTGAACTTCTTCCACTGAGCCCGCCTGATGACCAGTTCAACATGTCCCTGTTTTATGCAgtaagtctcca-------------taattgttttttttccttttctctatgtgctaactgctgaacaatttcaattgcccag-------------------------------------
|||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| |  ||||||||   ||||||  | || |  || ||||| ||| |||| ||             || ||||| |  | ||   || |    |     ||| | |   ||   ||||                                           
GATGCACAGGATCTTGGCATTTCTATTGAACTTCTTCCCTTGAGTCACCCTGATGAGGTGTTCAATGTATCTCAATTCTATGCTgtatgtctacacacctttgacatatatttgttatgctcccccctccccccatttcttctgttaattgatactaattatatgatttattcatgcttacttatcaattgtatgtcttttag