Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctttatttttatgtaaatttttatgctcagttcccttcagaaatattgaaacatagcaatcacctaaactatttgcgtatcgtggattgtctt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G374881_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g04800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagt--tctttatttttatgtaaatttttatgctcagttccct--tcagaaatattgaaacatagcaatcacctaaactatttgcgtatcgtggattgtctt
|| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||  ||| | |||| ||    ||| |  |  |  ||||| |  |  || | |||   | | | ||  |  |  |    |   |  || ||   | ||   
AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACAGTCACCgtaagtgctctcttttttcatccctattgtccttgtttgttcctttattggagacattttgaaacatcagacttcagagacctgaactgattgttt-tagt---

upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g53060.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagt--tctttatttttatgtaaatttttatgctcagttccctt----cagaaatattgaaacatagcaatcacctaaactatttgcgtatcgtggattgtctt
|| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||  ||  | ||||  |    ||| | ||  || ||||||||     ||| || |||||||||  ||   |||  ||||  |||| | | || || |     
AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACCGTCACTgtaagtgctcccttttttcgtccttattgtcattgtctgttcccttgttgtagatattttgaaacat--cagataccggaactgattgctt-tagttgacttc---

upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g53060.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagt--tctttatttttatgtaaatttttatgctcagttccctt----cagaaatattgaaacatagcaatcacctaaactatttgcgtatcgtggattgtctt
               ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||  ||  | ||||  |    ||| | ||  || ||||||||     ||| || |||||||||  ||   |||  ||||  |||| | | || || |     
---------------GTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACCGTCACTgtaagtgctcccttttttcgtccttattgtcattgtctgttcccttgttgtagatattttgaaacat--cagataccggaactgattgctt-tagttgacttc---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29544030|gb|CB604410.1|CB604410
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|29544379|gb|CB604759.1|CB604759
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|211481573|gb|FL031237.1|FL031237
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|71320622|gb|DR797046.1|DR797046
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|166479402|gb|EG189456.1|EG189456
EST:     GGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: GGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|78543575|gb|DV621073.1|DV621073
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|4874372|gb|AI673892.1|AI673892
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|16919306|gb|BM074128.1|BM074128
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37384781|gb|CF629491.1|CF629491
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|113659124|gb|DW816413.1|DW816413
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|7135787|gb|AW498266.1|AW498266
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|18180510|gb|BM381720.1|BM381720
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|7216231|gb|AW562353.1|AW562353
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|78109399|gb|DV527815.1|DV527815
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37380555|gb|CF627096.1|CF627096
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|88749443|gb|DY533584.1|DY533584
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|33102458|gb|CF062418.1|CF062418
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGCGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|91049302|gb|EB159720.1|EB159720
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGGTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|211050109|gb|FL461719.1|FL461719
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|91872633|gb|EB402590.1|EB402590
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|78109398|gb|DV527814.1|DV527814
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37378375|gb|CF625874.1|CF625874
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37387307|gb|CF630846.1|CF630846
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|148967409|gb|EE018635.2|EE018635
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|166424341|gb|EG300199.1|EG300199
EST:     GGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: GGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|7216230|gb|AW562352.1|AW562352
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 364

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAGCCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 230

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAGCCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 279

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAGCCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 373

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAGCCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctttatttttatgtaaatttttatgctcagttcccttcagaaatattgaaacatagcaatcacctaaactatttgcgtatcgtggattgtctt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagaaata