Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGAATTCTGGGTCCTTTTTGGAGGTTTTGCACCAATTGGGAAAAAAACCGTGAGTGATGATGATGTTGTACTTGAAACTACAGCACCAAGGCTGTACAGgtatttcctatgacactaattgttttgaaaatcatgtggtacagtggtaggtgattgatccaaaattattttaattaataattctcttctagtaccatat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G180988_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G180988_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv08s0007g08690.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GTGAATTCTGGGTCCTTTTTGGAGGTTTTGCACCAATTGGGAAAAAAACCGTGAGTGATGATGATGTTGTACTTGAAACTACAGCACCAAGGCTGTACAGgtatttcctatgacactaattgttttgaaaatcatgtggtacag-tggtaggtgattgatccaaaa-ttattttaa--ttaataattctcttctagtaccatat-
|||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||    |  |  || ||||||||| | |  ||||||||  |  | |  || || ||||||  | |||  |  | || ||||  |   | ||    ||  | |  |  |   || ||  | || ||||||||   |||  |   || ||    |    | | 
GTGAATTCTGGGTCCTGTTTGGTGGTTTTGCTCCCATTGGCAAAAAGGTTGCCACCGAAGATGATGTTATTCCAGAAACTACCCCTGCTAAACTTTATAGgtatg-cttat--cctttatggtttctat--ttatcctttatgggtattcagcttttaatatagaagttattttagggttatgagccctgtttctttttagtttg