Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAATGCAAGCACTGCTACAGGGGCCTGAAATTTCCAAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAGgtatcctaagtataatccagctggcttcactatgctgtgaaatagtctgcgagtatccaggacttctagtgtcatgtattcgtcttgtgtagtccttggc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G179281_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50324483|gb|CO519609.1|CO519609
EST:     AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAG                         GTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT
genomic: AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAGgtatcctaag ... ctgtgtgtagGTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT
EST: gi|211036460|gb|FL471504.1|FL471504
EST:     AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAG                         GTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT
genomic: AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAGgtatcctaag ... ctgtgtgtagGTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT
EST: gi|71772785|gb|DR970710.1|DR970710
EST:     AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAG                         -TGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGGAATGAGAATTGCGTTCT
genomic: AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAGgtatcctaag ... ctgtgtgtagGTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT
EST: gi|149101704|gb|EE187840.2|EE187840
EST:     AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAG                         GTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT
genomic: AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAGgtatcctaag ... ctgtgtgtagGTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT
EST: gi|50324920|gb|CO520046.1|CO520046
EST:     AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAG                         GTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT
genomic: AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAGgtatcctaag ... ctgtgtgtagGTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT
EST: gi|74244788|gb|DT652702.1|DT652702
EST:     AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAG                         GTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT
genomic: AAGTTTAAGACCACATCAGGTTGACTCCATGTATGTTGACATTTTCACAGgtatcctaag ... ctgtgtgtagGTGATTGAAGTTGAAATTGTTTGACTCCTTGGGAAATGAGAATTGCGTTCT