Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTTATGATCTGGCTGCTTGCCATTATCTACTTCATATCTGGTGCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttatatgcatccatcccttaacacagtacatttttttcaccatttcaatgttcattataatcatatatcttgtttcgtttgaatatctgcttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174730_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174730_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os05g42330.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GTGTTATGATCTGGCTGCTTGCCATTATCTACTTCATATCTGGTGCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttatatgcatccatcccttaacacagtacatttttttcaccatttcaatgttcattataatcatatatcttgtt-tcgtttgaatatctgcttcag
||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||  |   | |  |     |   |||  ||||||||| ||| ||  |   | |||  |   | ||||||| |  ||| |||  ||| | |||
GTGTTATTATCTGGTTGCTTGCTATTATCTACTTCATATCTGGTGTACCTGGTGCTTATGTGTTATGGTACCGCCCTCTTTATAATGCAATGAGgttggatatattaaatgagcattgttggctacacaactttttcacc-ttttaaaatatctaatacgctagtgtcttgttcttttttcaatgcctgttacag

upper sequence: GRMZM2G174730_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv12s0059g01930.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GTGTTATGATCTGGCTGCTTGCCATTATCTACTTCATATCTGGTGCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgt--tgtttatatgcatccatcccttaacac--agtacatttttttcaccatttcaatgttca--ttataatcatatatcttgtttcgtttgaatatctgcttcag
||   |  || ||| | |||||||| ||||||||| |||| || |  || || ||||||||||| |||||||| |||||||||  ||| |||||||  | |||||    || |    | | || |  | || ||  |   ||| |     || |     ||  |||  ||     ||  || | | |     |       
GTCCGACAATTTGGTTTCTTGCCATCATCTACTTCTTATCAGGGGTTCCAGGAGCTTATGTGTTGTGGTATCGTCCTCTTTATCGTGCCATGAGgtactatttatggttattccaaacatgactcccattatatcatccacactagacatatatcagacttccaattgtaggggatgggtcctgtcacgccatt------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149076952|gb|EE165608.2|EE165608
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|31353834|gb|CD438191.1|CD438191
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|71322126|gb|DR797758.1|DR797758
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|211198979|gb|FL379473.1|FL379473
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGCTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|37400724|gb|CF637721.1|CF637721
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGCTATGGTATCGTCCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|149069546|gb|EE157919.2|EE157919
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTG-TTTTTCCTATTTTAAATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|78112245|gb|DV530639.1|DV530639
EST:     ATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: ATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|78180134|gb|DV550507.1|DV550507
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|76927276|gb|DV171212.1|DV171212
EST:     CGACCTCTTTATAATCCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTGGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: CGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|5847119|gb|AW000198.1|AW000198
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGCTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|76289053|gb|DV028621.1|DV028621
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|60396504|gb|DN229373.1|DN229373
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|149079646|gb|EE168643.2|EE168643
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|78081465|gb|DV509877.1|DV509877
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|76289052|gb|DV028620.1|DV028620
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|5343187|gb|AI795372.1|AI795372
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGCTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|78112246|gb|DV530640.1|DV530640
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAGGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|8551590|gb|BE128935.1|BE128935
EST:     TTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
genomic: TTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG
EST: gi|149104177|gb|EE289611.2|EE289611
EST:     GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG                         AACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTTCTATTTTACAT
genomic: GCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 202

GTGTTATGATCTGGCTGCTTGCCATTATCTACTTCATATCTGGTGCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 158

GTGTTATGATCTGGCTGCTTGCCATTATCTACTTCATATCTGGTGCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 122

GTGTTATGATCTGGCTGCTTGCCATTATCTACTTCATATCTGGTGCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 341

GTGTTATGATCTGGCTGCTTGCCATTATCTACTTCATATCTGGTGCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAGgttgtttata ... tctgcttcagAACTGAGAGCGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCCTATTTTACATG