Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTCATGATCTGGTTGCTAGCAATCATCTACTTCATCTCTGGTGTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgtatgtttctgctgtgtctattcatgcacattgccacattgtaccctcctccatttcacattatgtttatttaaatgtgtattacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G169773_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G169773_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g57220.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GTGTCATGATCTGGTTGCTAGCAATCATCTACTTCATCTCTGGTGTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgtatgtttctgctgtgtctattcatgcacattgccacattgtaccctcctccatttcacattatgt-ttatttaaatgtgtattacag
|||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||  || || | |   ||||  |||||| |            | || |  |||| ||||  ||| || ||  ||||| | || |||
GTGTTATGATCTGGTTGCTAGCCATTATCTACTTTATATCTGGTGTACCTGGAGCCTATGTGTTATGGTATCGCCCCCTTTACAATGCGATGAGgttgtgaatatacttgtgtttttgttatttctgcacactatt--------tcttcttatatttgacatagtgtattgttacaatgtatgttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148980186|gb|EE026996.2|EE026996
EST:     TCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCCGCTTTACA-TGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: TCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCC-GCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTT-CTTGTTTTACCTT
EST: gi|76293307|gb|DV032875.1|DV032875
EST:     GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
EST: gi|88749197|gb|DY533338.1|DY533338
EST:     GGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
EST: gi|76293306|gb|DV032874.1|DV032874
EST:     GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
EST: gi|71449251|gb|DR830301.1|DR830301
EST:     GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGACAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
EST: gi|78115059|gb|DV533447.1|DV533447
EST:     GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
EST: gi|78115058|gb|DV533446.1|DV533446
EST:     GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
EST: gi|78077114|gb|DV505548.1|DV505548
EST:     GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
EST: gi|78077113|gb|DV505547.1|DV505547
EST:     GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 43 (downstream exon)
Score: 65

GTGTCATGATCTGGTTGCTAGCAATCATCTACTTCATCTCTGGTGTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 134

GTGTCATGATCTGGTTGCTAGCAATCATCTACTTCATCTCTGGTGTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 195

GTGTCATGATCTGGTTGCTAGCAATCATCTACTTCATCTCTGGTGTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT


Block sizes: 46 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 138

GTGTCATGATCTGGTTGCTAGCAATCATCTACTTCATCTCTGGTGTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT