Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTCATGATCTGGTTGCTAGCAATCATCTACTTCATCTCTGGTGTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgtatgtttctgctgtgtctattcatgcacattgccacattgtaccctcctccatttcacattatgtttatttaaatgtgtattacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G169773_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G169773_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g57220.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GTGTCATGATCTGGTTGCTAGCAATCATCTACTTCATCTCTGGTGTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgtatgtttctgctgtgtctattcatgcacattgccacattgtaccctcctccatttcacattatgt-ttatttaaatgtgtattacag
|||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||  || || | |   ||||  |||||| |            | || |  |||| ||||  ||| || ||  ||||| | || |||
GTGTTATGATCTGGTTGCTAGCCATTATCTACTTTATATCTGGTGTACCTGGAGCCTATGTGTTATGGTATCGCCCCCTTTACAATGCGATGAGgttgtgaatatacttgtgtttttgttatttctgcacactatt--------tcttcttatatttgacatagtgtattgttacaatgtatgttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148980186|gb|EE026996.2|EE026996
EST:     TCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCCGCTTTACA-TGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: TCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCC-GCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTT-CTTGTTTTACCTT
EST: gi|71449251|gb|DR830301.1|DR830301
EST:     GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGACAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
EST: gi|78077114|gb|DV505548.1|DV505548
EST:     GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
EST: gi|78115059|gb|DV533447.1|DV533447
EST:     GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAG                         GACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT
genomic: GTCCCTGGGGCCTATGTGCTTTGGTATCGCCCGCTTTACAATGCGATGAGgttgtgtgta ... tgtattacagGACTGAAAGTGCTTTGAAGTTTGGGTGGTTTTTCTTGTTTTACCTT