1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcccatctggataataatctggctaaaactttatgatcagatggtccttcatgagacttgcttagagttatgttccgagttccagtggattaacacacccgtgcctggcatttgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G161566_T02 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|211205927|gb|FL457759.1|FL457759
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|24934599|gb|CA452817.1|CA452817
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|37392587|gb|CF633545.1|CF633545
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|30087805|gb|CB886011.1|CB886011
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAAGAAAAAACGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|32164833|gb|CD670151.1|CD670151
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|60400163|gb|DN232970.1|DN232970
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|211413645|gb|FL414540.1|FL414540
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|13237004|gb|BG355018.1|BG355018
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|60395600|gb|DN228470.1|DN228470
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|211307747|gb|FL198214.1|FL198214
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|37398941|gb|CF636791.1|CF636791
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|16378271|gb|BI992362.1|BI992362
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|24934498|gb|CA452716.1|CA452716
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|32928190|gb|CF033002.1|CF033002
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|44900819|gb|CK827364.1|CK827364
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTGEST: gi|60394746|gb|DN227616.1|DN227616
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
EST: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG AGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATCTAAACAAGGTCATGGCGATGTCTCTAAGCTGATGCCGACTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCAGAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCGGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcccatctggataataatctggctaaaactttatgatcagatggtccttcatgagacttgcttagagttatgttccgagttccagtggattaacacacccgtgcctggcatttgcag
- - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG