Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATTTGGTCGACACCAACTTTTGAAGGATGATTTGAAGAAAGCAGCTATAAGTGCAAGTGATATATCAGAATCATTTGATAATTTTCCATATTATCTTAGgtatgtactcgtattccagctgctctttgttatatcaatacattattaattgtttatggtgcagtttgttatgtaacactataacgtttgaatttgcaac...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G157621_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G157621_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os07g47530.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
CATTTGGTCGACACCAACTTTTGAAGGATGATTTGAAGAAAGCAGCTATAAGTGCAAGTGATATATCAGAATCATTTGATAATTTTCCATATTATCTTAGgtatgtactcg-tattccagctgct---ctttgttatatcaatacattattaattgtttatggtgcagtttgttatgtaacactataacgtttgaatttgcaac
   ||| || ||| ||||| ||||| || ||| ||||||| |  |   | | |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||  || | |  |  | || |     |    ||  |   |     | | | ||   ||   | | ||  ||  |  |  |||         || |      
AGGTTGCTCAACATCAACTGTTGAAAGAGGATCTGAAGAAGGTGGTCGTTAATGCAAGTGATATATCAGATTCATTTGATAGTTTTCCATATTATCTGAGgtatgcgctagctgcttaacctacaaagttgcagtaatttggtctgcaaatgaatgccaatttggaacttaatttagagaagctaatgtaagataaatga----