Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTCCACTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccactaccaatatttttaattgtgttgcatctcagttctttacaatatgttgaaaaccctgccacaaataactaaatgtcttattcaaatgtca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G146206_T04
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G146206_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g62420.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTCCACTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccactaccaatat-----ttttaattgtgttgcatctcag-ttctttacaata-tgttgaaaacc-ctgccacaaataactaaatgtcttattcaaatgtca-------------------------------------
||||||||||||||||||||||||||     | |||||||| ||||||||||||||||  || ||||| |||||  ||||||  |||  ||  | |||     | | |||||   || | |  || || | |  | || || ||  ||   ||     | | ||||        |   | |   | |                                     
GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTTGTGACTAATGTTAGTCCTGCAGTTGCTGAATCAACCAGGATTATTTACAGAGgta-tacctttataactataggactatgaattgaaatgtaaccaagattttgtttagtagtgatgccaattgctaatgtacaaaactctccccacttccctacgattaacctgatcccttgtcttcgcatatttgtcttctacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16919933|gb|BM074427.1|BM074427
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|150037302|gb|DY843516.1|DY843516
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|33101583|gb|CF061543.1|CF061543
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|38568995|gb|CF974880.1|CF974880
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCA-CCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32936387|gb|CF041206.1|CF041206
EST:     CTTCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|14243822|gb|BG841520.2|BG841520
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|67021888|gb|CO450637.1|CO450637
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTANATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|24767602|gb|CA402746.1|CA402746
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|149005098|gb|EE039627.2|EE039627
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|24769561|gb|CA404690.1|CA404690
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|149097485|gb|EE183357.2|EE183357
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|71330644|gb|DR802095.1|DR802095
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|38229733|gb|CF920046.1|CF920046
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAAT-GACAAGGATAATTTATGGAG                         G-TCTGTAA-TGGAGCTA-CTGCAA
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAA
EST: gi|16927318|gb|BM080387.1|BM080387
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32851161|gb|CD990842.1|CD990842
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAAC
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAAC
EST: gi|149105683|gb|EE291241.2|EE291241
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|149095398|gb|EE181040.2|EE181040
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32850309|gb|CD989990.1|CD989990
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|5791027|gb|AI977819.1|AI977819
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|71436570|gb|DR817620.1|DR817620
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTT
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTT
EST: gi|101388915|gb|EB816439.1|EB816439
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|31352539|gb|CD436896.1|CD436896
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|149097486|gb|EE183358.2|EE183358
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|149005099|gb|EE039628.2|EE039628
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGAATGT-
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGA-TGTT
EST: gi|32931721|gb|CF036533.1|CF036533
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTCGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|148971477|gb|EE022172.2|EE022172
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACT
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACT
EST: gi|37361339|gb|CF602628.1|CF602628
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAA-TGGAGCTAACTGCAA
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAA
EST: gi|34391231|gb|CF384459.1|CF384459
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCA
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCA
EST: gi|6012502|gb|AW061939.1|AW061939
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|110517584|gb|EE022171.1|EE022171
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|71757929|gb|DR955866.1|DR955866
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|78077610|gb|DV506044.1|DV506044
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGG
EST: gi|211412106|gb|FL450398.1|FL450398
EST:     AATGTTAGCCCTGCGGTTGCTGAATTGCCAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGTTCAACCAGATGTTG
genomic: AATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|148995363|gb|EE034577.2|EE034577
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|9743048|gb|BE519196.1|BE519196
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|33094011|gb|CF054005.1|CF054005
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32909130|gb|CF013942.1|CF013942
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32930797|gb|CF035609.1|CF035609
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|67017127|gb|CO445876.1|CO445876
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGNTAA-TGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTT
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTG-TAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTT
EST: gi|211291624|gb|FL459848.1|FL459848
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32941523|gb|CF046342.1|CF046342
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|31360263|gb|CD444620.1|CD444620
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|71330645|gb|DR802096.1|DR802096
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCCGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|148995362|gb|EE034576.2|EE034576
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|31351356|gb|CD435713.1|CD435713
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|83278303|gb|DV942311.1|DV942311
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|31354853|gb|CD439210.1|CD439210
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|61118911|gb|DN559872.1|DN559872
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|16927255|gb|BM080324.1|BM080324
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|18178250|gb|BM379460.1|BM379460
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|67015285|gb|CO444034.1|CO444034
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|33093246|gb|CF053240.1|CF053240
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|211297519|gb|FL438922.1|FL438922
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|31628067|gb|CD526427.1|CD526427
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|110960987|gb|EE181039.1|EE181039
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 124

GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTCCACTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTGATGGATTCCTTGTTGGTGGAGCCTCATTGAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 62

GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTCCACTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTGATGGATTCCTTGTTGGTGGAGCCTCATTGAAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 69

GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTCCACTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTGATGGATTCCTTGTTGGTGGAGCCTCATTGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 194

GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTCCACTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTGATGGATTCCTTGTTGGTGGAGCCTCATTGAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTCCACTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccactaccaatatttttaattgtgttgcatctcagttctttacaatatgttgaaaaccctgccacaaataactaaatgtcttattcaaatgtca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG