Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTCCACTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccactaccaatatttttaattgtgttgcatctcagttctttacaatatgttgaaaaccctgccacaaataactaaatgtcttattcaaatgtca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G146206_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G146206_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g62420.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTCCACTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccactaccaatat-----ttttaattgtgttgcatctcag-ttctttacaata-tgttgaaaacc-ctgccacaaataactaaatgtcttattcaaatgtca-------------------------------------
||||||||||||||||||||||||||     | |||||||| ||||||||||||||||  || ||||| |||||  ||||||  |||  ||  | |||     | | |||||   || | |  || || | |  | || || ||  ||   ||     | | ||||        |   | |   | |                                     
GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTTGTGACTAATGTTAGTCCTGCAGTTGCTGAATCAACCAGGATTATTTACAGAGgta-tacctttataactataggactatgaattgaaatgtaaccaagattttgtttagtagtgatgccaattgctaatgtacaaaactctccccacttccctacgattaacctgatcccttgtcttcgcatatttgtcttctacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31352539|gb|CD436896.1|CD436896
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|16919933|gb|BM074427.1|BM074427
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|33101583|gb|CF061543.1|CF061543
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32936387|gb|CF041206.1|CF041206
EST:     CTTCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|14243822|gb|BG841520.2|BG841520
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|24767602|gb|CA402746.1|CA402746
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|149005098|gb|EE039627.2|EE039627
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|24769561|gb|CA404690.1|CA404690
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|71757929|gb|DR955866.1|DR955866
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|16927318|gb|BM080387.1|BM080387
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|149105683|gb|EE291241.2|EE291241
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32850309|gb|CD989990.1|CD989990
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|5791027|gb|AI977819.1|AI977819
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|101388915|gb|EB816439.1|EB816439
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32909130|gb|CF013942.1|CF013942
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32931721|gb|CF036533.1|CF036533
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTCGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|6012502|gb|AW061939.1|AW061939
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|211412106|gb|FL450398.1|FL450398
EST:     AATGTTAGCCCTGCGGTTGCTGAATTGCCAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGTTCAACCAGATGTTG
genomic: AATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|9743048|gb|BE519196.1|BE519196
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|33094011|gb|CF054005.1|CF054005
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|149097485|gb|EE183357.2|EE183357
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32930797|gb|CF035609.1|CF035609
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|211291624|gb|FL459848.1|FL459848
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|32941523|gb|CF046342.1|CF046342
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|148995362|gb|EE034576.2|EE034576
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|110517584|gb|EE022171.1|EE022171
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|83278303|gb|DV942311.1|DV942311
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|16927255|gb|BM080324.1|BM080324
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|18178250|gb|BM379460.1|BM379460
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|71330644|gb|DR802095.1|DR802095
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|33093246|gb|CF053240.1|CF053240
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|211297519|gb|FL438922.1|FL438922
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|31628067|gb|CD526427.1|CD526427
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
EST: gi|110960987|gb|EE181039.1|EE181039
EST:     CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAG                         GGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG
genomic: CTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccac ... ccctctccagGGTCTGTAAATGGAGCTAACTGCAAAGAACTTGCAGCTCAACCAGATGTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCATGATGGTCTGAGAAAGTGGCTCCACTCCAATGTTAGCCCTGCAGTTGCTGAATTGACAAGGATAATTTATGGAGgtagcaccactaccaatatttttaattgtgttgcatctcagttctttacaatatgttgaaaaccctgccacaaataactaaatgtcttattcaaatgtca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG