Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTTACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgctatctgtttgactttgtattgattttttttttcatttcatttttatagatttcaacttgtcatgtcattatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G139462_T06
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G139462_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g73450.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
CGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTTACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgctatctgtttgactttgtattgattttttttttcatttcatttttatagatttcaacttgtcatgtcattatgcag
|||||||| ||| |||||||||| ||||| ||    |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||| |  | ||||  |  | ||    || ||  |      ||| ||||  ||   ||| || ||| | ||| ||  |||||
CGCCTTCTTGAGGCTGTGAGCTACCATGAGGTGCAAACAAGAGACCTCTCAGTAATGGACATGACTGCCATTACGCTATGCCAAGAAAACAACATTCCTGgtaagga-gagagctgtcagtttctga---gacttgatacagtgtttgatttgcattctttttaatttggcctgtaatcttgcag

upper sequence: GRMZM2G139462_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT3G18680.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
CGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTTACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatg--------gacgctatctg----tttgactttgtattgattttttttttcatttcatttttatagatttcaacttgtc--atgtcattatgcag
|| || || ||  |  | |  || || || || ||  |||  || ||||| |||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| ||||| ||  |  ||         || || |||      |||||    |    |  |  |  |  |    |     | |    | |  | ||    ||||| | |||||
CGTCTGCTTGACTCACTAACTTACCAAGAGGTCACCTCAAAGGACCTCTCTGTAATGGATATGACTGCTATCACTTTGTGCCAAGAAAATAACATCCCAGgcttgttttctataacactctctcaaaccttgaccacatgcatacatgatcatctaaaatacaacaagaatgcttatttagttctgtgtcaatttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16377611|gb|BI992021.1|BI992021
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|15214516|gb|BI431029.1|BI431029
EST:     AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA                         TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: gi|86468320|gb|DY234690.1|DY234690
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|211532297|gb|FL466472.1|FL466472
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|76285329|gb|DV024897.1|DV024897
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|60343359|gb|DN210332.1|DN210332
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|91878695|gb|EB408652.1|EB408652
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|32791919|gb|CD944155.1|CD944155
EST:     AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA                         TTGTCGTATTTA
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTA
EST: gi|74235298|gb|DT643212.1|DT643212
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|71758718|gb|DR956655.1|DR956655
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|78076647|gb|DV505081.1|DV505081
EST:     TACGACAAGAGATCTTTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|86466838|gb|DY233208.1|DY233208
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|211243939|gb|FL442196.1|FL442196
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATTCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|50335607|gb|CO530733.1|CO530733
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|78106045|gb|DV524463.1|DV524463
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|78119796|gb|DV538180.1|DV538180
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|148960320|gb|EE153576.2|EE153576
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|76013764|gb|DT940934.1|DT940934
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|6918328|gb|AW399858.1|AW399858
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|16926403|gb|BM079471.1|BM079471
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|93282238|gb|EB674502.1|EB674502
EST:     AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA                         TTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTAACTTGCAAGAGCCTGGAAACATTGCAAAGGCTATTGTCG
EST: gi|60395240|gb|DN228109.1|DN228109
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT
EST: gi|32791710|gb|CD943946.1|CD943946
EST:     AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA                         TTGTCGTGTTTA
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagTTGTCGTGTTTA
EST: gi|50326141|gb|CO521267.1|CO521267
EST:     TACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCA        
genomic: AGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgc ... cattatgcagT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTTACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGACTGCTATTACACTATGCCAAGAAAACAACATTCCCAgtatggacgctatctgtttgactttgtattgattttttttttcatttcatttttatagatttcaacttgtcatgtcattatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA