1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CAATAGCAGCGTGGGTATTCGATCTACACTTTCAAAATTATCACAACTCTTGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatttcagcactaatccctccattccaaaaatataataaaatttagcttttctagatacatttcttttagtacatctagacagtgtatttaagt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G122935_T02 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATGEST: gi|44900278|gb|CK826823.1|CK826823
genomic: GACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
EST: TCACATGGAGGTCACCACAAAG G-TTACCCCCCAATATTATGCCTTTAGAGGGATCACACTGTTGTTGACGATEST: gi|78110295|gb|DV528710.1|DV528710
genomic: TCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTA-CCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGAT
EST: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATGEST: gi|148981603|gb|EE027761.2|EE027761
genomic: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
EST: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATGEST: gi|76011673|gb|DT938843.1|DT938843
genomic: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
EST: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATGEST: gi|32928604|gb|CF033416.1|CF033416
genomic: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
EST: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATGEST: gi|31628335|gb|CD526557.1|CD526557
genomic: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
EST: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATGEST: gi|83278661|gb|DV942669.1|DV942669
genomic: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
EST: AGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATGEST: gi|38687663|gb|CK144694.1|CK144694
genomic: AGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
EST: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATGEST: gi|149089684|gb|EE178941.2|EE178941
genomic: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
EST: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATGEST: gi|32928506|gb|CF033318.1|CF033318
genomic: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
EST: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATGEST: gi|74241509|gb|DT649423.1|DT649423
genomic: TGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
EST: GCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAG GTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
genomic: GCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatt ... atatatacagGTTTACCCACAATATTATGCCTTTAGATGGATCACACTGTTGTTGACGATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAATAGCAGCGTGGGTATTCGATCTACACTTTCAAAATTATCACAACTCTTGAAGCGACATGATGAGGAACTATGGCGTCACATGGAGGTCACCACAAAGgtaaacaatttcagcactaatccctccattccaaaaatataataaaatttagcttttctagatacatttcttttagtacatctagacagtgtatttaagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG