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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTGGCATGCTGCGGTTTTATGTGCGGCGATGGGTGTGATGGAGGCTATCCTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtctattcgtgtaattttcttctttccatcacttgaatttctctgtatgcttcagcagcaatcctactagttctaagacttttatgatcctaca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G108849_T04
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G108849_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g24550.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
ACTGGCATGCTGCGGTTTTATGTGCGGCGATGGGTGTGATGGAGGCTATCCTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtctattcgtgtaattttcttctttccatcacttgaatttctctgtatgcttcagcagcaatcctactagttctaagacttttat--gatcctaca------------------------------------------------------
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AGTGGCATGCTGCGGTTTCATGTGCGGCGATGGTTGTGATGGAGGCTATCCTATCATGGCATGGCGCTACTTTGTTCGGAATGGTGTTGTTACCGATGAGgtattgtcc----------attttctacatgctatgacatgaatgtttctgcatgatccagcagtaatcctatatgtgaatatttttttcccggctcctgcaacattagttcagcttgatatactcagaaaatgcacattttccattgttttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76282755|gb|DV022323.1|DV022323
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|33104176|gb|CF064136.1|CF064136
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|31354590|gb|CD438947.1|CD438947
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|211491805|gb|FL092420.1|FL092420
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTSRACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|213184041|gb|FM183748.1|FM183748
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|78022002|gb|DV490389.1|DV490389
EST:     GTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: GTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|60357237|gb|DN224210.1|DN224210
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|31355458|gb|CD439815.1|CD439815
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|33100519|gb|CF060479.1|CF060479
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|18963343|gb|BM660382.1|BM660382
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|60353949|gb|DN220922.1|DN220922
EST:     TTGTTC-AAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: TTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|33092955|gb|CF052949.1|CF052949
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|60345830|gb|DN212803.1|DN212803
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|211491801|gb|FL092416.1|FL092416
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|14191380|gb|BG833610.1|BG833610
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGGTCAAAATGGTGTTGGTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACC
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACC
EST: gi|14203538|gb|BG837215.1|BG837215
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|60395804|gb|DN228674.1|DN228674
EST:     AATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: AATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|14191381|gb|BG833611.1|BG833611
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|18385054|gb|BM418253.1|BM418253
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAA-GGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGAG-CGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACC
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCG-GTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACC
EST: gi|33101185|gb|CF061145.1|CF061145
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|211439270|gb|FL284637.1|FL284637
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCTTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|60400644|gb|DN233451.1|DN233451
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|60338736|gb|DN205709.1|DN205709
EST:     TTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: TTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|211042388|gb|FL284655.1|FL284655
EST:     TATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGNACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAAC
genomic: TATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGG-ATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCG-ACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAAC
EST: gi|14203094|gb|BG836771.1|BG836771
EST:     CTATAGARGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|17970178|gb|BM276943.1|BM276943
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|33093900|gb|CF053894.1|CF053894
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|6012616|gb|AW062053.1|AW062053
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|60350570|gb|DN217543.1|DN217543
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|211488924|gb|FL092409.1|FL092409
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|211486033|gb|FL092385.1|FL092385
EST:     CTAC-TTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|5296139|gb|AI783014.1|AI783014
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAACCT
EST: gi|18963341|gb|BM660381.1|BM660381
EST:     CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAG                         TGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAAACC
genomic: CTATAGAGGCATGGCGCTACTTTGTTCAAAATGGTGTTGTTACGGATGAGgtataggtct ... tatgttgcagTGTGATCCATACTTCGACCCGGTCGGTTGCAAGCATCCTGGATGCGAA-CC