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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcattttgctatatttatggtgaaccgttgaatgtgactgggataatgatgtcagaaaaggcattgaaacttgtcatcggtgcccatccagtta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G106928_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G106928_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os08g44770.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcattttgctatatttatggtgaaccgttgaatgtgactgggataatgatgtcagaaaaggcattga--aacttgtcatcggtgcccatccagtta
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GTGGCCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctctgaatcatatttctgttccataaatgttcttg-taacgttaatgtggtacataggtgcacgcatgaataaaatattggaacaaacatatcg-

upper sequence: GRMZM2G106928_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA12G30260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat---tttgctatatttatggtgaaccgttgaatgtgactgggataatgatgtcagaaaaggcattgaaacttgtcatcggtgcccatccagtta
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GTGGGCAAGAACTTAGTTTGAGCACTGGAAATGCTGGGGGAAGATTGGCATGTGgtatggaaaaaaattaactaaaataattatgttctttccaat-tcatcaatccatctat-tcagatatgattatatatatgttatttgattcaccttttgtt-

upper sequence: GRMZM2G106928_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA11G19840.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcattttgctatatttatggtgaaccgttgaatgtgactgggataatgatgtcagaaaaggcattgaaacttgtcatcggtgcccatccagtta---
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GTGGGCATGAACTCAGTTTGACAACTGGAAATGCTGGTGGAAGATTAGCATgtggtac---caaaaaaaaaaatataaattcgatcagttc-tattcttttcatattcacct--attcatccattccaacatgatgttatttggtttactctttgcc

upper sequence: GRMZM2G106928_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA11G19840.2 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcattttgctatatttatggtgaaccgttgaatgtgactgggataatgatgtcagaaaaggcattgaaacttgtcatcggtgcccatccagtta------
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GTGGGCATGAACTCAGTTTGACAACTGGAAATGCTGGTGGAAGATTAGCATGTGgtac---caaaaaaaaaaatataaattcgatcagttc-tattcttttcatattcacct--attcatccattccaacatgatgttatttggtttactctttgcctca

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76909357|gb|DV163347.1|DV163347
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|32858163|gb|CD997844.1|CD997844
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|149048831|gb|EE048331.2|EE048331
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|110201685|gb|EC883582.1|EC883582
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|111192574|gb|EE290710.1|EE290710
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTTTTCTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCCCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|78120855|gb|DV539239.1|DV539239
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|74245754|gb|DT653668.1|DT653668
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|5871774|gb|AW018245.1|AW018245
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|71430440|gb|DR811490.1|DR811490
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|5871789|gb|AW018260.1|AW018260
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|110505087|gb|EE017532.1|EE017532
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTTTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|71317884|gb|DR795706.1|DR795706
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|60341036|gb|DN208009.1|DN208009
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|149100116|gb|EE186171.2|EE186171
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTTTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|149105223|gb|EE290711.2|EE290711
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTANGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGGTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|15082641|gb|BI389325.1|BI389325
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|89247199|gb|DY618985.1|DY618985
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|60355203|gb|DN222176.1|DN222176
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|15199132|gb|BI423675.1|BI423675
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|93014758|gb|EB640278.1|EB640278
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|93282963|gb|EB675227.1|EB675227
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|211051930|gb|FL422540.1|FL422540
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|6056668|gb|AW091073.1|AW091073
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGNGGAAGACTGGCATGTG                         GNGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|71763838|gb|DR961775.1|DR961775
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|78120854|gb|DV539238.1|DV539238
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|76016343|gb|DT943513.1|DT943513
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|60336753|gb|DN203726.1|DN203726
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|78022822|gb|DV491209.1|DV491209
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|60352737|gb|DN219710.1|DN219710
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|91050822|gb|EB161240.1|EB161240
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|76016342|gb|DT943512.1|DT943512
EST:     CCATGAGTTCAGCCTCTTTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|148944556|gb|EC889680.2|EC889680
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTTTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|211322575|gb|FL457017.1|FL457017
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|76909356|gb|DV163346.1|DV163346
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|31355089|gb|CD439446.1|CD439446
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|5871782|gb|AW018253.1|AW018253
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|211275807|gb|FL433165.1|FL433165
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|31357015|gb|CD441372.1|CD441372
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|71763886|gb|DR961823.1|DR961823
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|71318465|gb|DR795998.1|DR795998
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|211457760|gb|FL454143.1|FL454143
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
EST: gi|211490441|gb|FL382377.1|FL382377
EST:     CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC
genomic: CCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 178

GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGCAGTTGCAGCTACGCTGTTACATCCTTGCCTTGGTGGACTTTTGTCTTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 415

GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGCAGTTGCAGCTACGCTGTTACATCCTTGCCTTGGTGGACTTTTGTCTTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 121

GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGCAGTTGCAGCTACGCTGTTACATCCTTGCCTTGGTGGACTTTTGTCTTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 191

GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcat ... ccttgcgcagGTGTTGTTGGCCTGACTCCATTGTAGGTTGCTCGCCGGGTGCCCGGGTTGCAGTTGCAGCTACGCTGTTACATCCTTGCCTTGGTGGACTTTTGTCTTCA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcattttgctatatttatggtgaaccgttgaatgtgactgggataatgatgtcagaaaaggcattgaaacttgtcatcggtgcccatccagtta

- - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagaaaag