Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGAGGAGGCCCTAATTATCCCCTTCCTCCCTATGGTGGTGGTGGCTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G103430_T04
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G103430_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os11g14430.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
------TGGAGGAGGCCCTAATTATCCCCTTCCTCCCTATGGTGGTGGTGGCTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcag
       | |||||  || |||| ||| |||||||| ||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||| | |||| |||| ||||   |   |  ||| |     | | || | | |||  || ||   | ||  | |  |  |||||||||
CAAGCCAGCAGGAGCTCCAAATTTTCCACTTCCTCCTTATGGTGG------CTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaactaaacatttgtaggctaccatat---tgacattgtagtctgtctttatggacttttctcct--tttttttggcag

upper sequence: GRMZM2G103430_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os10g06130.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
------TGGAGGAGGCCCTAATTATCCCCTTCCTCCCTATGGTGGTGGTGGCTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcag------------------------
      ||||||||  || |||| ||| |||||||| ||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||| | |||| |||| |   ||     |     |  |    ||  |  | ||  || | | | | | || || || || ||  ||                          
CAAGCCTGGAGGAGCTCCAAATTTTCCTCTTCCTCCTTATGGTGG------CTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaactaaac---caagtggt-----gcttatggtagggt-tggtcctagtatacctaaatacca-aacacattctgcgagaaaatccacatataaataggtat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22542721|gb|BU093159.1|BU093159
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|60352242|gb|DN219215.1|DN219215
EST:     GGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: GGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|24768223|gb|CA403352.1|CA403352
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|211350822|gb|FL045986.1|FL045986
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCSTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACSGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|6952509|gb|AW424577.1|AW424577
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGNGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|148950939|gb|EC896574.2|EC896574
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|40336436|gb|CK370506.1|CK370506
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|20811268|gb|BQ295746.1|BQ295746
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|149072510|gb|EE160790.2|EE160790
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|60337515|gb|DN204488.1|DN204488
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|37393328|gb|CF633926.1|CF633926
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|21809455|gb|BQ667773.1|BQ667773
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|32794928|gb|CD947164.1|CD947164
EST:     GATCCCTATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGCCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: GATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|78081443|gb|DV509855.1|DV509855
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|148974507|gb|EE025291.2|EE025291
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|211353220|gb|FL045989.1|FL045989
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATTGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|110934046|gb|EE154272.1|EE154272
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|60344104|gb|DN211077.1|DN211077
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|71332331|gb|DR803106.1|DR803106
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|60340674|gb|DN207647.1|DN207647
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|149034770|gb|EE155070.2|EE155070
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|211350823|gb|FL045987.1|FL045987
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|78544374|gb|DV621872.1|DV621872
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|149096254|gb|EE181962.2|EE181962
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|148930063|gb|EE285990.2|EE285990
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|211078934|gb|FL257757.1|FL257757
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|148934165|gb|EC878185.2|EC878185
EST:     ATCCATATGGTGCTTATGGGGGCGGCGGTCCT-CAATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: ATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGC-ATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|74233709|gb|DT641623.1|DT641623
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|5058892|gb|AI737368.1|AI737368
EST:     TGGNAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|110199888|gb|EC881785.1|EC881785
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|4609595|gb|AI600434.1|AI600434
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|4874392|gb|AI673912.1|AI673912
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGAGGAGGCCCTAATTATCCCCTTCCTCCCTATGGTGGTGGTGGCTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG