Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTTGAACTTGAAACAGATATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatccatcttgctgatattggtggatttgtttgttctttgattacgtcatcaatgttgattcagattactgtatatgcctttataagttccatttgaaacaatttatagttcacctactgatcttattattttcaatttcttgaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G103047_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G103047_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os09g12600.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GGTTTGAACTTGAAACAGATATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatccatcttgctgatattggtggatttgtttgttctttgattacgtcatcaa-----tgttgatt-cagatt-actgtatatgc------ctttataa--gttccatt--tgaaacaatttata-gttcacctactg-atcttattattttca----atttcttgaag
||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||    | ||||||   |||| ||     | | | |||  ||||    |  ||   |      |||| ||| |||||  | | ||| |||      | ||| |   ||| ||||  |||| ||   || | || ||    |    ||||  |  | |||    |||||||||||
GGTCTGAACTTAAAACAGATATACACAAGGTCACTGATTGCTGCGTTCTGTTTCCATGCATACCAACAGgtc---agccatctaattgattttctaaaaatagcttggccttttgaaatctctggatgcgcttgttcatttcagatagattctatgtgctgaatacattacagttgttacattgatgaatcatcatacatgtgcaaagcccatgtcttgctgatctcacataatttcttgaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211421922|gb|FL203902.1|FL203902
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|37380935|gb|CF627314.1|CF627314
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTCCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|71447162|gb|DR828212.1|DR828212
EST:     CTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: CTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|83279029|gb|DV943037.1|DV943037
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|5608162|gb|AI901829.1|AI901829
EST:     AAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: AAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|149070711|gb|EE159127.2|EE159127
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|71427133|gb|DR808183.1|DR808183
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|211046748|gb|FL449688.1|FL449688
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|78121641|gb|DV540025.1|DV540025
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|149007368|gb|EE040218.2|EE040218
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACCCATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|148999233|gb|EE036153.2|EE036153
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|76916103|gb|DV166240.1|DV166240
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|71426581|gb|DR807631.1|DR807631
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|111193309|gb|EE291445.1|EE291445
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|60357212|gb|DN224185.1|DN224185
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|50334493|gb|CO529619.1|CO529619
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|211345606|gb|FL479616.1|FL479616
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|91054475|gb|EB164893.1|EB164893
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|60349346|gb|DN216319.1|DN216319
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|37383666|gb|CF628857.1|CF628857
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|91054476|gb|EB164894.1|EB164894
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|83278332|gb|DV942340.1|DV942340
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|76018096|gb|DT945266.1|DT945266
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|50331501|gb|CO526627.1|CO526627
EST:     GCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: GCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|78110414|gb|DV528826.1|DV528826
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|60343683|gb|DN210656.1|DN210656
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|101401959|gb|EB822602.1|EB822602
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|74235577|gb|DT643491.1|DT643491
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|71761863|gb|DR959800.1|DR959800
EST:     TTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|211114341|gb|FL479353.1|FL479353
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|78110415|gb|DV528827.1|DV528827
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|71444330|gb|DR825380.1|DR825380
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGGTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACCCATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
EST: gi|37383669|gb|CF628859.1|CF628859
EST:     TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAG                         GTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC
genomic: TATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 200

GGTTTGAACTTGAAACAGATATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGCAATTGCGTCAAGCGTGTGGTGGTCATTGTGACCTCGGTTCTGTTCTTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 230

GGTTTGAACTTGAAACAGATATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGCAATTGCGTCAAGCGTGTGGTGGTCATTGTGACCTCGGTTCTGTTCTTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 247

GGTTTGAACTTGAAACAGATATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGCAATTGCGTCAAGCGTGTGGTGGTCATTGTGACCTCGGTTCTGTTCTTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 344

GGTTTGAACTTGAAACAGATATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatcc ... tttcttgaagGTGTCATACATGATCCTCGCCAGGGTATCCCCAGTCACACATTCAGTGGGCAATTGCGTCAAGCGTGTGGTGGTCATTGTGACCTCGGTTCTGTTCTTCA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTTTGAACTTGAAACAGATATACACAAGGTCATTGATTGCTGCATGCTGCTTCCATGCATACCAACAGgtggtgatccatcttgctgatattggtggatttgtttgttctttgattacgtcatcaatgttgattcagattactgtatatgcctttataagttccatttgaaacaatttatagttcacctactgatcttattattttcaatttcttgaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT