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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACCGATCCGGCGAAGGTGGCGTACGTAGCTAAGGAGCTGTATACCATGGGCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactggttctctctgcctatgctatgccgaacccgttcgtggctctcagtcgttttctggacagtacgtggagagaccggccaaaaactatactcactgcgatttgcaaacgtctctgcctcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G095141_T03
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G095141_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os12g04020.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
--AACCGATCCGGCGAAGGTGGCGTACGTAGCTAAGGAGCTGTATACCATGGGCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactggttctctctgcctatgctatgccgaacccgttcgtggctctcagtcgttttctggacagtacgtggagagaccggccaaaaactatactcactgcgatttgcaaacgtctctgcctcag
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ACAATTCATCCATCAAAGGTAGCATATGTAGCTAAGGAGCTTTATGACATGGGTTGCTCGGAGATCTCACTCGGAGACACGATTGGTGTTGGTACACCAGgtat-----tgattttgt-tgcctttactgctttcagcatgtcatttcctggtttatatatttttgc--gcatttaaaactactt-tcaaaagcgatgat----acgtttttt-----------------

upper sequence: GRMZM2G095141_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os11g04210.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
--AACCGATCCGGCGAAGGTGGCGTACGTAGCTAAGGAGCTGTATACCATGGGCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactggttctctctgcctatgctatgccgaacccgttcgtggctctcagtcgttttctggacagtacgtggagagaccggccaaaaactatactcactgcgatt-tgcaaacgtctctgcctcag
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ACAATTCATCCATCAAAGGTAGCATACGTAGCTAAGGAGCTTTATGACATGGGTTGCTCGGAGATTTCACTTGGAGACACGATTGGTGTTGGTACACCAGgt-----actgattttgt-tgcctttattgctttcagcatgc--------------catttcctggttcatacatttttg--cccgtttaaaactacttttaaagtgatgataccgattttt---------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211088485|gb|FL432076.1|FL432076
EST:     GAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|71301050|gb|DR786554.1|DR786554
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|76016005|gb|DT943175.1|DT943175
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGT                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|76016845|gb|DT944015.1|DT944015
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|91872712|gb|EB402669.1|EB402669
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|211227159|gb|FL464265.1|FL464265
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|71318555|gb|DR796038.1|DR796038
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|148950048|gb|EC895580.2|EC895580
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|31911304|gb|CD651858.1|CD651858
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|149072591|gb|EE157105.2|EE157105
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|211081279|gb|FL464186.1|FL464186
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|110950579|gb|EE170731.1|EE170731
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|211139185|gb|FL464627.1|FL464627
EST:     GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: GCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
EST: gi|5761976|gb|AI967024.1|AI967024
EST:     TGGTGTCGGGACACCA-G-                         GTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA
genomic: TGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactgg ... tctgcctcagGTAGCGTGGTTGCTATGCTTCAAGCTGTCATGTCGTTTGTCCCGGTGGACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AACCGATCCGGCGAAGGTGGCGTACGTAGCTAAGGAGCTGTATACCATGGGCTGCTCGGAGATCTCGCTCGGCGACACGACTGGTGTCGGGACACCAGGTgtactactggttctctctgcctatgctatgccgaacccgttcgtggctctcagtcgttttctggacagtacgtggagagaccggccaaaaactatactcactgcgatttgcaaacgtctctgcctcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC