Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGAGCATGCTAGTGGCAATGTGAAAGTTGGCATTGACCTGGAGGAAGGTGCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaatacgatcagcaggtgggaaatgaatcatatgtaaagctggtttaagaacatttttcgatcttttgtggtaattggacatgtcaccattgga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083095_T04
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083095_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os03g59020.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
CTGAGCATGCTAGTGGCAATGTGAAAGTTGGCATTGACCTGGAGGAAGGTGCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtca-atacgatcagcaggtgggaaatgaatcatatgtaaa---gctggtttaagaacat----ttttcgatcttttgtggtaattggacatgtcaccattgga---------------------------------------------------------------------------
|||| |||||| |||| |||  ||||||||| |||||| |||| |||||||  ||||||||  || | | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | || | |     | |   | || ||| ||  |    |||  |    | ||     ||||  |  ||| ||| ||       ||       ||  |                                                                           
CTGAACATGCTGGTGGGAATACGAAAGTTGGTATTGACTTGGAAGAAGGTGGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcatatgccataaccttccagtatg-gcataataggtgcacgtactgtatgggaagcacgctgttttttacttttcgtgatacccatgtattcattttttttattatttgcatgtttactggcgagacttaagcaagttggccaacctcatatcatgtgtgttcttttctctcatcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148978583|gb|EE026232.2|EE026232
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|148987523|gb|EE031385.2|EE031385
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTTTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGGGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|33092559|gb|CF052553.1|CF052553
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211519526|gb|FL441902.1|FL441902
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|113703848|gb|EE681352.1|EE681352
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTCTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|60357186|gb|DN224159.1|DN224159
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTCTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|60396537|gb|DN229406.1|DN229406
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|60358886|gb|DN225859.1|DN225859
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|7135329|gb|AW498031.1|AW498031
EST:     GCCTGCAAGGCCATCNCGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCCCAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCCCCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|7137645|gb|AW499199.1|AW499199
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|6539092|gb|AW225231.1|AW225231
EST:     GCCTGCAAGGGCATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211337113|gb|FK966354.1|FK966354
EST:     GCCTGCAAG-ACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211337111|gb|FK966352.1|FK966352
EST:     GCCTGCAA-GACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|33094754|gb|CF054748.1|CF054748
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|13177835|gb|BG349018.1|BG349018
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|4314488|gb|AI461542.1|AI461542
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|13178118|gb|BG349376.1|BG349376
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|71431586|gb|DR812636.1|DR812636
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|5688514|gb|AI941529.1|AI941529
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|148972050|gb|EE022890.2|EE022890
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211337115|gb|FK966356.1|FK966356
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|78024594|gb|DV492981.1|DV492981
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|91053532|gb|EB163950.1|EB163950
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211525262|gb|FL432917.1|FL432917
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|110194417|gb|EC876315.1|EC876315
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211337114|gb|FK966355.1|FK966355
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|5919524|gb|AW054621.1|AW054621
EST:     GCCTGCAAGGACATCCCGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|60337628|gb|DN204601.1|DN204601
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|5006194|gb|AI712256.1|AI712256
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|149105114|gb|EE290597.2|EE290597
EST:     GCCTGCAAGGACATCCCGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCCCCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|10450915|gb|BE924839.1|BE924839
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTATAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGG
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTA-AAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGG
EST: gi|21759912|gb|BQ635453.1|BQ635453
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|4885786|gb|AI676906.1|AI676906
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT