Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTCAATCATGCAATTGGGGCTGAGGGAATCATCAGTACAGAATGCAAAGAAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgctggtttcccatgcattgttattgtgatgtatgtatttgtacttatctaagtatgaaacattttgtaattgagcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077233_T04
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G077233_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g18630.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
AGTCAATCATGCAATTGGGGCTGAGGGAATCATCAGTACAGAATGCAAAGAAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgctggt-------ttcccatgcattgttattgtgatgtat--gtatttgtacttatct--------------aagtatgaaaca-ttttgtaattgagcag
| | ||||| |||||||| |||||||||||  | ||||  ||||||||| |||| ||| | || || || || |||||||| ||| |||||||| | ||||||||   || ||       ||    || ||| || ||||||||  |   | |||  | | ||||              || ||| ||| | |||||| | |||||||
AATTAATCACGCAATTGGAGCTGAGGGAATTGTTAGTATGGAATGCAAACAAGTTGTGCGGGACTACGGGGACATGATCCTCGAGATGCTCATAGCACAGgtttgccacttgtctgaacattggattgaatttttcttgtgatgcttcatttttttcattgatcttggattctctgaccaaatataaaataattttgtgactgagcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12047192|gb|BF729331.1|BF729331
EST:     AAGTGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|67023174|gb|CO451923.1|CO451923
EST:     AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|32858947|gb|CD998628.1|CD998628
EST:     GAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: GAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|13125876|gb|BG316446.1|BG316446
EST:     AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCT
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCT
EST: gi|8577168|gb|BE129805.1|BE129805
EST:     TGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: TGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|31250410|gb|CD219434.1|CD219434
EST:     AAGTGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: gi|6194440|gb|AW146544.1|AW146544
EST:     AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG                         -CAAGCCCACAGAAAGTGGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGG
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTG-TGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTCAATCATGCAATTGGGGCTGAGGGAATCATCAGTACAGAATGCAAAGAAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgctggtttcccatgcattgttattgtgatgtatgtatttgtacttatctaagtatgaaacattttgtaattgagcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG