Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCGAAATGTGGCTAGATTTTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtgaaccttaggctagtacttactatgtttatggtcctactagcactcctgaagtcctattttgtttatggtcttggattcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G075488_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G075488_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g06820.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TTCGAAATGTGGCTAGATTTTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtgaacct-------taggctagta-cttactatgtttatggt-cctactagcactcctgaagtcctattttgtttatggtcttggattcag
|| || | |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||  || |||       ||| || ||| | |   |   | ||  |   ||  |  | |  | ||||| | | || || ||||     |      
TTTGAGAGGTGGTTAGGTTTTGATCAAAATCCTCTTTATGCTCTCTTGCATGAGTCTATCTATTGTCAGgtacctttggagcctcatatgttagactggtagcatgagaacatcatattgtttagaacaattgttcaagtcttctcttattgatggatgcag------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32928448|gb|CF033260.1|CF033260
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGTACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|32928122|gb|CF032934.1|CF032934
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|67042357|gb|CO468612.1|CO468612
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|149075977|gb|EE164546.2|EE164546
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTTTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|31998054|gb|CD661896.1|CD661896
EST:     TCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|60358578|gb|DN225551.1|DN225551
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|32928342|gb|CF033154.1|CF033154
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|211492404|gb|FL232704.1|FL232704
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|67011936|gb|CO440685.1|CO440685
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
EST: gi|148934530|gb|EC878572.2|EC878572
EST:     TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAG                         GGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT
genomic: TTGATCAAAATCCTCTTTATGCCCTCTTGCACGAGTCTATCTACTGTGAGgtaacttgtg ... ttggattcagGGCTCTTCATCAAAATGGTCTGCTGAAAAGATTCATGGCGAATATGGGAGT